Il presidente Lincoln è rimasto deluso dalla prestazione di McClellan.Credeva che le azioni eccessivamente caute e scarsamente coordinate di McClellan sul campo avessero costretto la battaglia a un pareggio piuttosto che a una paralizzante sconfitta confederata.Il presidente fu ancora più stupito che dal 17 settembre al 26 ottobre, nonostante le ripetute suppliche del Dipartimento della Guerra e dello stesso presidente, McClellan rifiutò di inseguire Lee attraverso il Potomac, adducendo la carenza di attrezzature e la paura di estendere eccessivamente le sue forze.Il generale in capo Henry W. Halleck scrisse nel suo rapporto ufficiale: "La lunga inattività di un esercito così numeroso di fronte a un nemico sconfitto, e durante la stagione più favorevole per rapidi movimenti e una vigorosa campagna, era una questione di grande delusione e rimpianto".Lincoln sollevò McClellan dal comando dell'Armata del Potomac il 5 novembre, ponendo effettivamente fine alla carriera militare del generale.È stato sostituito il 9 novembre dal generale Burnside.I risultati di Antietam consentirono anche al presidente Lincoln di emettere la proclamazione preliminare di emancipazione il 22 settembre, che dava agli stati confederati fino al 1 gennaio 1863, per porre fine alla loro ribellione o altrimenti perdere i loro schiavi.Sebbene Lincoln avesse intenzione di farlo prima, il Segretario di Stato William H. Seward, in una riunione di gabinetto, gli consigliò di aspettare fino a quando l'Unione non avesse ottenuto una vittoria significativa in modo da evitare la percezione che fosse stata emessa per disperazione.La vittoria dell'Unione e la proclamazione di Lincoln giocarono un ruolo considerevole nel dissuadere i governi di Francia e Gran Bretagna dal riconoscere la Confederazione;alcuni sospettavano che stessero progettando di farlo all'indomani di un'altra sconfitta dell'Unione.Quando l'emancipazione era legata all'andamento della guerra, nessuno dei due governi aveva la volontà politica di opporsi agli Stati Uniti, poiché legava il sostegno alla Confederazione al sostegno alla schiavitù.Entrambi i paesi avevano già abolito la schiavitù e il pubblico non avrebbe tollerato che il governo sostenesse militarmente una sovranità che sostenesse gli ideali della schiavitù.