Sekitar waktu ini, dia mengirim surat kepada Paus Innosensius III, mendesaknya untuk mengirimkan utusan ke Bulgaria .Dia ingin membujuk Paus untuk mengakui kekuasaannya di Bulgaria.Innocent dengan penuh semangat melakukan korespondensi dengan Kaloyan karena reunifikasi denominasi Kristen di bawah kekuasaannya adalah salah satu tujuan utamanya.Utusan Innocent III tiba di Bulgaria pada akhir Desember 1199, membawa surat dari Paus kepada Kaloyan.Innocent menyatakan bahwa dia diberitahu bahwa nenek moyang Kaloyan berasal "dari Kota Roma".Jawaban Kaloyan, yang ditulis dalam bahasa Slavonik Gereja Lama, belum dilestarikan, namun isinya dapat direkonstruksi berdasarkan korespondensinya kemudian dengan Tahta Suci.Kaloyan menyebut dirinya "Kaisar Bulgaria dan Vlachs", dan menegaskan bahwa ia adalah penerus sah para penguasa Kekaisaran Bulgaria Pertama .Dia menuntut mahkota kekaisaran dari Paus dan menyatakan keinginannya untuk menempatkan Gereja Ortodoks Bulgaria di bawah yurisdiksi Paus.Menurut surat Kaloyan kepada Paus, Alexios III juga bersedia mengirimkan mahkota kekaisaran kepadanya dan mengakui status autocephalous (atau otonom) Gereja Bulgaria.