Huayna Capac meninggal, kemungkinan karena cacar (epidemi telah melanda Dunia Baru segera setelah diperkenalkan oleh Spanyol).Yang menyedihkan, Huayna Capac gagal menyebutkan nama ahli warisnya sebelum kematiannya.Perebutan kekuasaan antara kedua putranya, Huáscar dan Atahualpa, akhirnya mengarah pada perang saudara.Huascar naik takhta dengan dukungan kaum bangsawan di Cusco.Sementara itu Atahualpa, yang dianggap sebagai administrator dan pejuang yang lebih cakap, dinobatkan sebagai Sapa Inca di Quito.Tidak diketahui berapa banyak suku Inca yang terbunuh atau tewas selama perang saudara.Perkiraan populasi kerajaan Inca sebelum epidemi (mungkin penyakit Eropa) dan penaklukan Spanyol diperkirakan antara 6 dan 14 juta orang.Perang saudara, epidemi, dan penaklukan Spanyol mengakibatkan penurunan populasi selama beberapa dekade yang diperkirakan sebesar 20:1 atau 25:1, yang berarti penurunan populasi sebesar 95 persen.