Tupac Inca meninggal sekitar tahun 1493 di Chincheros, meninggalkan dua putra sah, dan 90 putra dan putri tidak sah.Ia digantikan oleh Huayna Capac Di selatan, Huayna Capac melanjutkan perluasan Kekaisaran Inca ke wilayah yang sekarang disebut Chili dan Argentina dan mencoba mencaplok wilayah ke arah utara di tempat yang sekarang disebut Ekuador dan Kolombia selatan.Sebagai Sapa Inca, ia juga membangun observatorium astronomi di Ekuador seperti Ingapirca.Wayna Qhapaq berharap dapat mendirikan benteng di utara di kota Tumebamba, Ekuador, tempat tinggal orang Cañari.Reruntuhan kota Pumpu di Inca.Wayna Qhapaq biasa menghabiskan waktu bersantai di danau Chinchay Cocha terdekat yang terhubung ke kota melalui sungai.Di Ekuador, yang sebelumnya dikenal sebagai Kerajaan Quito, Wayna Qhapaq menyerap Konfederasi Quito ke dalam Kekaisaran Inca setelah menikahi Ratu Quito Paccha Duchicela Shyris XVI untuk menghentikan perang yang berkepanjangan.Dari pernikahan ini lahirlah Atawallpa (1502 M) di Caranqui, Ekuador.Wayna Qhapaq meninggal pada tahun 1524. Ketika Wayna kembali ke Quito, dia sudah terjangkit demam saat berkampanye di Kolombia saat ini (meskipun beberapa sejarawan membantahnya), kemungkinan besar disebabkan oleh masuknya penyakit Eropa seperti campak atau cacar.