Kepresidenan Pervez Musharraf dari tahun 1999 hingga 2007 menandai pertama kalinya kekuatan liberal memegang kekuasaan signifikan di Pakistan.Inisiatif liberalisasi ekonomi, privatisasi, dan kebebasan media diperkenalkan, dengan eksekutif Citibank Shaukat Aziz mengambil kendali perekonomian.Pemerintahan Musharraf memberikan amnesti kepada pekerja politik dari partai-partai liberal, mengesampingkan kelompok konservatif dan kiri.Musharraf memperluas media swasta secara signifikan, dengan tujuan untuk melawan pengaruh budaya India.Mahkamah Agung memerintahkan pemilihan umum pada bulan Oktober 2002, dan Musharraf mendukung invasi AS ke Afghanistan pada tahun 2001. Ketegangan dengan India mengenai Kashmir menyebabkan kebuntuan militer pada tahun 2002.Referendum Musharraf tahun 2002, yang dianggap kontroversial, memperpanjang masa jabatan presidennya.Pada pemilihan umum tahun 2002, kelompok liberal dan sentris memenangkan mayoritas, dan membentuk pemerintahan dengan dukungan Musharraf.Amandemen ke-17 Konstitusi Pakistan secara surut melegitimasi tindakan Musharraf dan memperpanjang masa jabatannya sebagai presiden.Shaukat Aziz menjadi Perdana Menteri pada tahun 2004, dengan fokus pada pertumbuhan ekonomi tetapi menghadapi penolakan terhadap reformasi sosial.Musharraf dan Aziz selamat dari beberapa upaya pembunuhan yang terkait dengan al-Qaeda.Secara internasional, tuduhan proliferasi nuklir mencoreng kredibilitas mereka.Tantangan dalam negeri termasuk konflik di wilayah kesukuan dan gencatan senjata dengan Taliban pada tahun 2006, meskipun kekerasan sektarian masih terjadi.