Masa pemerintahan di bawah Wangsa Vasa Swedia dimulai di Persemakmuran pada tahun 1587. Dua raja pertama dari dinasti ini, Sigismund III (memerintah 1587–1632) dan Władysław IV (memerintah 1632–1648), berulang kali berupaya untuk melakukan intrik untuk naik takhta Swedia, yang selalu menjadi sumber gangguan bagi urusan Persemakmuran.Pada saat itu, Gereja Katolik melancarkan serangan balasan ideologis dan Kontra-Reformasi menuntut banyak orang yang berpindah agama dari kalangan Protestan Polandia dan Lituania.Pada tahun 1596, Persatuan Brest memecah umat Kristen Timur Persemakmuran untuk membentuk Gereja Uniate Ritus Timur, tetapi tunduk pada otoritas paus.Pemberontakan Zebrzydowski melawan Sigismund III terjadi pada tahun 1606–1608.Untuk mencari supremasi di Eropa Timur, Persemakmuran berperang dengan Rusia antara tahun 1605 dan 1618 setelah Masa Kesulitan Rusia;rangkaian konflik ini disebut sebagai Perang Polandia–Moskow atau Dymitriad.Upaya tersebut menghasilkan perluasan wilayah timur Persemakmuran Polandia-Lithuania, namun tujuan pengambilalihan takhta Rusia untuk dinasti penguasa Polandia tidak tercapai.Swedia mencari supremasi di Baltik selama perang Polandia-Swedia tahun 1617–1629, dan Kekaisaran Ottoman menekan dari selatan dalam Pertempuran Cecora pada tahun 1620 dan Khotyn pada tahun 1621. Ekspansi pertanian dan kebijakan perbudakan di Polandia Ukraina mengakibatkan serangkaian pemberontakan Cossack .Bersekutu dengan monarki Habsburg, Persemakmuran tidak berpartisipasi secara langsung dalamPerang Tiga Puluh Tahun. Pemerintahan Władysław IV sebagian besar berlangsung damai, dengan invasi Rusia dalam bentuk Perang Smolensk tahun 1632–1634 berhasil dihalau.Hirarki Gereja Ortodoks, yang dilarang di Polandia setelah Persatuan Brest, didirikan kembali pada tahun 1635.