Sebuah studi genetika Asia menunjukkan bahwa manusia asli di Asia Timur berasal dari Asia Tenggara.^[14] Kelompok masyarakat adat di semenanjung dapat dibagi menjadi tiga etnis: Negritos, Senoi, dan proto-Melayu.^[15] Penduduk pertama Semenanjung Malaya kemungkinan besar adalah orang Negritos.^[16] Para pemburu Mesolitikum ini kemungkinan merupakan nenek moyang suku Semang, kelompok etnis Negrito.^[17] Suku Senoi tampaknya merupakan kelompok gabungan, dengan sekitar setengah dari garis keturunan DNA mitokondria ibu ditelusuri kembali ke nenek moyang suku Semang dan sekitar setengahnya berasal dari migrasi leluhur selanjutnya dari Indochina.Para ahli berpendapat bahwa mereka adalah keturunan petani awal berbahasa Austroasiatik, yang membawa bahasa dan teknologi mereka ke bagian selatan semenanjung sekitar 4.000 tahun yang lalu.Mereka bersatu dan bersatu dengan penduduk asli.^[18] Suku Melayu Proto mempunyai asal usul yang lebih beragam ^[19] dan telah menetap di Malaysia pada tahun 1000 SM sebagai akibat dari ekspansi Austronesia.^[20] Meskipun mereka menunjukkan beberapa hubungan dengan penduduk lain di Maritim Asia Tenggara, beberapa juga memiliki nenek moyang di Indochina sekitar masa Maksimum Glasial Terakhir sekitar 20.000 tahun yang lalu.Daerah-daerah yang sekarang menjadi Malaysia berpartisipasi dalam Maritime Jade Road.Jaringan perdagangan ini ada selama 3.000 tahun, antara tahun 2000 SM hingga 1000 M.^[21]Para antropolog mendukung anggapan bahwa Proto-Melayu berasal dari tempat yang sekarang disebut Yunnan,Tiongkok .^[22] Hal ini diikuti oleh penyebaran awal Holosen melalui Semenanjung Malaya ke Kepulauan Melayu.^[23] Sekitar tahun 300 SM, mereka didorong ke pedalaman oleh bangsa Deutero-Melayu, bangsa Zaman Besi atau Zaman Perunggu yang sebagian berasal dari suku Cham di Kamboja dan Vietnam .Kelompok pertama di semenanjung yang menggunakan perkakas logam, suku Deutero-Melayu adalah nenek moyang langsung suku Melayu Malaysia saat ini dan membawa serta teknik pertanian yang canggih.^[17] Suku Melayu tetap terfragmentasi secara politik di seluruh kepulauan Melayu, meskipun terdapat kesamaan budaya dan struktur sosial.^[24]