Դեյվիդ Մարշալը դարձավ Սինգապուրի առաջին գլխավոր նախարարը՝ ղեկավարելով անկայուն կառավարություն, որը բախվեց սոցիալական անկարգությունների, օրինակ՝ Հոկ Լիի ավտոբուսի անկարգությունների օրինակով:1956 թվականին նա ղեկավարում էր բանակցությունները Լոնդոնում լիակատար ինքնակառավարման համար, սակայն բանակցությունները ձախողվեցին բրիտանական անվտանգության նկատառումներից ելնելով, ինչը հանգեցրեց նրա հրաժարականին։Նրա իրավահաջորդը՝ Լիմ Յու Հոքը, կոշտ դիրքորոշում ընդունեց կոմունիստական ​​և ձախակողմյան խմբերի դեմ՝ ճանապարհ հարթելով բրիտանացիների համար Սինգապուրին լիարժեք ներքին ինքնակառավարում շնորհելու համար 1958 թվականին։1959 թվականի ընտրություններում Լի Կուան Յուի գլխավորած Ժողովրդական գործողությունների կուսակցությունը (ԲՀԿ) հաղթեց, և Լին դարձավ Սինգապուրի առաջին վարչապետը։Նրա կառավարությունը բախվեց սկզբնական թերահավատության հետ՝ կապված կուսակցության կոմունիստամետ ֆրակցիայի հետ, ինչը հանգեցրեց բիզնեսի տեղափոխություններին Կուալա Լումպուր:Այնուամենայնիվ, Լիի ղեկավարությամբ Սինգապուրը տեսավ տնտեսական աճ, կրթական բարեփոխումներ և ագրեսիվ հանրային բնակարանային ծրագիր:Կառավարությունը նաև միջոցներ է ձեռնարկել աշխատանքային անկարգությունները զսպելու և անգլերեն լեզուն խթանելու համար։Չնայած այս ձեռքբերումներին, ԲՀԿ առաջնորդները կարծում էին, որ Սինգապուրի ապագան կապված է Մալայայի հետ միաձուլման հետ:Գաղափարը հղի էր մարտահրավերներով, մասնավորապես ԲՀԿ-ի ներսում կոմունիստների հակազդեցությամբ և Մալայայի Միացյալ Մալայզիայի ազգային կազմակերպության մտահոգություններով՝ ռասայական ուժերի հավասարակշռության վերաբերյալ:Այնուամենայնիվ, Սինգապուրում կոմունիստների կողմից իշխանության գրավման հեռանկարը փոխեց տրամադրությունները հօգուտ միաձուլման:1961 թվականին Մալայայի վարչապետ Թունկու Աբդուլ Ռահմանը առաջարկեց ստեղծել Մալայզիայի ֆեդերացիա, որը կներառի Մալայան, Սինգապուրը, Բրունեյը, Հյուսիսային Բորնեոն և Սարավակը:1962 թվականին Սինգապուրում անցկացված հանրաքվեն ցույց տվեց միաձուլման ուժեղ աջակցություն ինքնավարության հատուկ պայմաններով: