Godine 1988. demokracija je ponovno uspostavljena u Pakistanu općim izborima nakon smrti predsjednika Zia-ul-Haqa.Ovi su izbori doveli do povratka Pakistanske narodne stranke (PPP) na vlast, s Benazir Bhutto koja je postala prva žena premijer Pakistana i prva žena na čelu vlade u zemlji s muslimanskom većinom.Ovo razdoblje, koje je trajalo do 1999., karakterizirao je konkurentski dvostranački sustav, s konzervativcima desnog centra predvođenim Nawazom Sharifom i socijalistima lijevog centra pod Benazir Bhutto.Tijekom svog mandata, Bhutto je vodila Pakistan kroz završne faze Hladnog rata , održavajući prozapadnu politiku zbog zajedničkog nepovjerenja prema komunizmu.Njezina je vlada svjedočila povlačenju sovjetskih trupa iz Afganistana .Međutim, otkriće pakistanskog projekta atomske bombe dovelo je do zaoštravanja odnosa sa Sjedinjenim Državama i nametanja gospodarskih sankcija.Bhuttoova vlada također se suočila s izazovima u Afganistanu, s neuspješnom vojnom intervencijom koja je dovela do smjene direktora obavještajnih službi.Unatoč naporima da se revitalizira gospodarstvo, uključujući i sedmi petogodišnji plan, Pakistan je doživio stagflaciju, a Bhuttovu vladu na kraju je smijenio konzervativni predsjednik Ghulam Ishaq Khan.