Godine 1958. pakistanski parlamentarni sustav okončan je uvođenjem izvanrednog stanja.Javno razočaranje korupcijom u civilnoj birokraciji i administraciji dovelo je do podrške akcijama generala Ayub Khana.^[16] Vojna vlada poduzela je značajne zemljišne reforme i provela Naredbu o diskvalifikaciji izbornih tijela, zabranjujući HS Suhrawardyju javni položaj.Khan je uveo "osnovnu demokraciju", novi predsjednički sustav u kojem je izborni kolegij od 80 000 birao predsjednika, i proglasio ustav iz 1962.^[17] Godine 1960. Ayub Khan dobio je potporu naroda na nacionalnom referendumu, prešavši s vojne na ustavnu civilnu vladu.^[16]Značajni događaji tijekom predsjedničkog mandata Ayub Khana uključivali su preseljenje infrastrukture glavnog grada iz Karachija u Islamabad.Ovo doba, poznato kao "Veliko desetljeće", slavi se zbog svog ekonomskog razvoja i kulturnih promjena, ^[18] uključujući uspon pop glazbene, filmske i dramske industrije.Ayub Khan povezao je Pakistan sa Sjedinjenim Državama i zapadnim svijetom, pridruživši se Organizaciji središnjeg sporazuma (CENTO) i Organizaciji sporazuma jugoistočne Azije (SEATO).Privatni sektor je rastao, a zemlja je napravila korake u obrazovanju, ljudskom razvoju i znanosti, uključujući pokretanje svemirskog programa i nastavak programa nuklearne energije.^[18]Međutim, incident sa špijunskim zrakoplovom U2 1960. razotkrio je tajne američke operacije iz Pakistana, ugrožavajući nacionalnu sigurnost.Iste godine Pakistan je potpisao Ugovor o vodama Inda s Indijom radi normalizacije odnosa.^[19] Odnosi s Kinom su ojačali, osobito nakon kinesko-indijskog rata, što je dovelo do sporazuma o granici 1963. koji je promijenio dinamiku hladnog rata .Godine 1964. pakistanske oružane snage ugušile su navodnu prokomunističku pobunu u Zapadnom Pakistanu, a 1965. Ayub Khan tijesno je pobijedio na kontroverznim predsjedničkim izborima protiv Fatime Jinnah.