Godine 1947. Pakistan se pojavio kao nova nacija s Liaquatom Ali Khanom kao prvim premijerom i Muhammadom Ali Jinnahom kao generalnim guvernerom i predsjednikom parlamenta.Jinnah je, odbivši ponudu lorda Mountbattena da bude generalni guverner Indije i Pakistana, vodio zemlju do svoje smrti 1948. Pod njegovim vodstvom, Pakistan je poduzeo korake prema tome da postane islamska država, posebno uvođenjem Rezolucije o ciljevima od strane premijera Khan 1949., naglašavajući Allahovu suverenost.Rezolucija o ciljevima proglasila je da suverenitet nad cijelim svemirom pripada Svemogućem Allahu.^[5]Rane godine Pakistana također su doživjele značajne migracije iz Indije, posebno u Karachi, ^[6] prvu prijestolnicu.Kako bi ojačao pakistansku financijsku infrastrukturu, njegov ministar financija Victor Turner proveo je prvu monetarnu politiku u zemlji.To je uključivalo uspostavu ključnih institucija kao što su Državna banka, Savezni zavod za statistiku i Savezna uprava za prihode, s ciljem povećanja sposobnosti nacije u financijama, oporezivanju i prikupljanju prihoda.^[7] Međutim, Pakistan se susreo sa značajnim problemima s Indijom.U travnju 1948. Indija je prekinula opskrbu Pakistana vodom s dva glavna kanala u Punjabu, što je pogoršalo napetosti između dviju zemalja.Osim toga, Indija je u početku uskratila pakistanski udio imovine i sredstava od Ujedinjene Indije.Ova imovina je na kraju oslobođena pod pritiskom Mahatme Gandhija.^[8] Teritorijalni problemi pojavili su se sa susjednim Afganistanom oko pakistansko-afganistanske granice 1949., te s Indijom oko linije kontrole u Kašmiru.^[9]Zemlja je također tražila međunarodno priznanje, s Iranom koji ga je prvi priznao, ali se suočila s početnom nevoljkošću Sovjetskog Saveza i Izraela .Pakistan je aktivno težio za vodstvom unutar muslimanskog svijeta, s ciljem ujedinjenja muslimanskih zemalja.Međutim, ta je ambicija naišla na skepticizam na međunarodnoj razini i među nekim arapskim nacijama.Pakistan je također podržavao razne pokrete za neovisnost u muslimanskom svijetu.U zemlji, jezična politika postala je sporno pitanje, a Jinnah je urdu proglasio državnim jezikom, što je dovelo do napetosti u Istočnom Bengalu.Nakon Jinnahove smrti 1948., Sir Khawaja Nazimuddin postao je generalni guverner, nastavljajući napore za izgradnju nacije u godinama formiranja Pakistana.