Studija azijske genetike sugerira da su izvorni ljudi u istočnoj Aziji došli iz jugoistočne Azije.^[14] Autohtone skupine na poluotoku mogu se podijeliti u tri etničke skupine: Negritosi, Senoi i proto-Malajci.^[15] Prvi stanovnici Malajskog poluotoka najvjerojatnije su bili Negritosi.^[16] Ovi mezolitski lovci vjerojatno su bili preci Semanga, etničke skupine Negrita.^[17] Čini se da su Senoi složena skupina, s približno polovicom majčinih mitohondrijskih DNK loza koje sežu do predaka Semanga, a oko polovice do kasnijih migracija predaka iz Indokine.Znanstvenici sugeriraju da su oni potomci ranih zemljoradnika koji su govorili austroazijskim jezikom, a koji su donijeli svoj jezik i tehnologiju na južni dio poluotoka prije otprilike 4000 godina.Ujedinili su se i srasli s domorodačkim stanovništvom.^[18] Proto Malajci imaju raznolikije podrijetlo ^[19] i naselili su se u Maleziji do 1000. godine prije Krista kao rezultat Austronezijske ekspanzije.^[20] Iako pokazuju neke veze s drugim stanovnicima u pomorskoj jugoistočnoj Aziji, neki također imaju podrijetlo u Indokini otprilike u vrijeme posljednjeg glacijalnog maksimuma prije otprilike 20 000 godina.Područja koja obuhvaćaju današnju Maleziju sudjelovala su u Pomorskoj cesti žada.Trgovačka mreža postojala je 3000 godina, između 2000. godine prije Krista i 1000. godine.^[21]Antropolozi podržavaju ideju da su Protomalejci potjecali iz današnjeg Yunnana uKini .^[22] Nakon toga uslijedilo je ranoholocensko širenje kroz Malajski poluotok u Malajski arhipelag.^[23] Oko 300. g. pr. n. e. potisnuli su ih u unutrašnjost Deutero-Malayaca, ljudi iz željeznog ili brončanog doba koji su djelomično potjecali od Chama iz Kambodže i Vijetnama .Prva skupina na poluotoku koja je koristila metalne alate, Deutero-Malays bili su izravni preci današnjih malezijskih Malaya i sa sobom su donijeli napredne poljoprivredne tehnike.^[17] Malajci su ostali politički rascjepkani diljem malajskog arhipelaga, iako su dijelili zajedničku kulturu i društvenu strukturu.^[24]