Agha Mohammad Khan, nakon što je izašao kao pobjednik iz građanskog rata nakon smrti posljednjeg kralja Zanda, usredotočio se na ponovno ujedinjenje i centralizaciju Irana.^[54] Nakon Nader Šaha i Zand ere, iranski kavkaski teritoriji formirali su različite kanate.Agha Mohammad Khan imao je za cilj reinkorporirati ove regije u Iran, smatrajući ih cjelovitim kao bilo koji kopneni teritorij.Jedna od njegovih primarnih meta bila je Gruzija, koju je smatrao ključnom za iranski suverenitet.Zahtijevao je da se gruzijski kralj, Erekle II., odrekne svog ugovora s Rusijom iz 1783. i ponovno prihvati perzijski suverenitet, što je Erekle II. odbio.Kao odgovor, Agha Mohammad Khan pokrenuo je vojnu kampanju, uspješno ponovno uspostavljajući iransku kontrolu nad raznim kavkaskim teritorijima, uključujući modernu Armeniju , Azerbajdžan , Dagestan i Igdir.Trijumfirao je u bitci kod Krtsanisija, što je dovelo do zauzimanja Tbilisija i učinkovitog ponovnog pokoravanja Gruzije .^[55]Godine 1796., nakon povratka iz svoje uspješne kampanje u Gruziji i transporta tisuća gruzijskih zarobljenika u Iran, Agha Mohammad Khan službeno je okrunjen za šaha.Njegova je vladavina prekinuta atentatom 1797. dok je planirao još jednu ekspediciju protiv Gruzije.Nakon njegove smrti, Rusija je kapitalizirala regionalnu nestabilnost.Godine 1799. ruske su snage ušle u Tbilisi, a do 1801. efektivno su anektirali Gruziju.Ovo širenje obilježilo je početak Rusko-perzijskih ratova (1804.-1813. i 1826.-1828.), što je dovelo do konačnog prelaska istočne Gruzije, Dagestana, Armenije i Azerbajdžana Rusiji, kao što je navedeno u Gulistanskom i Turkmenčajskom ugovoru.Stoga su teritoriji sjeverno od rijeke Aras, uključujući današnji Azerbajdžan, istočnu Gruziju, Dagestan i Armeniju, ostali dio Irana sve do njihove okupacije od strane Rusije u 19. stoljeću.^[56]Nakon rusko-perzijskih ratova i službenog gubitka golemih teritorija na Kavkazu, dogodile su se značajne demografske promjene.Ratovi 1804. – 1814. i 1826. – 1828. doveli su do velikih migracija poznatih kao kavkaski muhadžiri u kopneni Iran.Ovaj pokret je uključivao različite etničke grupe kao što su Ayrums, Qarapapaqs, Čerkezi, Shia Lezgins i drugi transkavkaski muslimani.^[57] Nakon bitke kod Ganje 1804., mnogi Ayrumi i Qarapapaqi preseljeni su u Tabriz, Iran.Tijekom rata 1804. – 1813., a kasnije i tijekom sukoba 1826. – 1828., više tih skupina s novoosvojenih ruskih teritorija migriralo je u Solduz u današnjoj pokrajini Zapadni Azerbajdžan, Iran.^[58] Ruske vojne aktivnosti i problemi upravljanja na Kavkazu natjerali su veliki broj muslimana i neke gruzijske kršćane u egzil u Iran.^[59]Od 1864. do početka 20. stoljeća, daljnja protjerivanja i dobrovoljne migracije dogodila su se nakon ruske pobjede u Kavkaskom ratu.To je dovelo do dodatnih kretanja kavkaskih muslimana, uključujući Azerbejdžance, druge transkavkaske muslimane i sjevernokavkaske skupine poput Čerkeza, šiitskih Lezgina i Laka, prema Iranu i Turskoj.^[57] Mnogi od tih migranata odigrali su ključne uloge u iranskoj povijesti, čineći značajan dio Perzijske kozačke brigade osnovane krajem 19. stoljeća.^[60]Sporazum iz Turkmenchaya iz 1828. također je olakšao preseljenje Armenaca iz Irana na teritorije pod kontrolom Rusije.^[61] Povijesno gledano, Armenci su bili većina u istočnoj Armeniji, ali su postali manjina nakon Timurovih pohoda i kasnije islamske dominacije.^[62] Ruska invazija na Iran dodatno je promijenila etnički sastav, što je dovelo do armenske većine u Istočnoj Armeniji do 1832. Ovaj demografski pomak dodatno je učvršćen nakon Krimskog rata i Rusko-turskog rata 1877.-1878.^[63]Tijekom tog razdoblja, Iran je doživio pojačan zapadni diplomatski angažman pod Fath Ali Shahom.Njegov unuk, Mohammad Shah Qajar, pod utjecajem Rusije, neuspješno je pokušao zauzeti Herat.Naser al-Din Shah Qajar, koji je naslijedio Mohammad Shaha, bio je uspješniji vladar, osnovavši prvu modernu bolnicu u Iranu.^[64]Velika perzijska glad 1870. – 1871. bila je katastrofalan događaj koji je rezultirao smrću približno dva milijuna ljudi.^[65] Ovo je razdoblje označilo značajnu tranziciju u perzijskoj povijesti, što je dovelo do perzijske ustavne revolucije protiv šaha u kasnom 19. i ranom 20. stoljeću.Unatoč izazovima, šah je 1906. pristao na ograničeni ustav, transformirajući Perziju u ustavnu monarhiju i dovevši do sazivanja prvog Majlisa (parlamenta) 7. listopada 1906.Otkriće nafte 1908. godine u Khuzestanu od strane Britanaca intenziviralo je strane interese u Perziji, posebice Britanskog Carstva (povezano s Williamom Knoxom D'Arcyjem i Anglo-Iranian Oil Company, sada BP).To je razdoblje također obilježilo geopolitičko rivalstvo između Ujedinjenog Kraljevstva i Rusije oko Perzije, poznato kao Velika igra.Anglo-ruska konvencija iz 1907. podijelila je Perziju na sfere utjecaja, potkopavajući njezin nacionalni suverenitet.Tijekom Prvog svjetskog rata Perziju su okupirale britanske, osmanske i ruske snage, ali je ostala uglavnom neutralna.Nakon Prvog svjetskog rata i Ruske revolucije , Britanija je pokušala uspostaviti protektorat nad Perzijom, što je na kraju propalo.Nestabilnost unutar Perzije, istaknuta konstitucionalističkim pokretom Gilana i slabljenjem Qajar vlade, otvorila je put usponu Reza Khana, kasnije Reza Šaha Pahlavija, i uspostavljanju dinastije Pahlavi 1925. Ključni vojni udar 1921., koji je doveo Reza Khan iz Perzijske kozačke brigade i Seyyed Zia'eddin Tabatabai, u početku je bio usmjeren na kontrolu vladinih dužnosnika, a ne na izravno rušenje Qajar monarhije.^[66] Utjecaj Reza Khana je rastao, a do 1925., nakon što je služio kao premijer, postao je prvi šah iz dinastije Pahlavi.