1241.-1242., kraljevstvo je pretrpjelo veliki udarac nakon mongolske invazije na Europu.Nakon što su Mađarsku napali Mongoli 1241., mađarska je vojska katastrofalno poražena u bitci kod Mohija.Kralj Béla IV pobjegao je s bojnog polja, a potom i iz zemlje nakon što su ga Mongoli progonili do njenih granica.Prije nego što su se Mongoli povukli, veliki dio stanovništva (20-50%) je umro.^[22] U ravnicama je uništeno između 50 i 80% naselja.^[23] Samo su dvorci, snažno utvrđeni gradovi i opatije mogli izdržati napad, budući da Mongoli nisu imali vremena za duge opsade — njihov je cilj bio krenuti na zapad što je prije moguće.Opsadne sprave tekineski i perzijski inženjeri koji su njima upravljali za Mongole ostavljeni su u osvojenim zemljama Kijevske Rusije.^[24] Razaranje uzrokovano mongolskom invazijom kasnije je dovelo do poziva doseljenika iz drugih dijelova Europe, posebno iz Njemačke.Tijekom pohoda Mongola na Kijevsku Rusiju, oko 40 000 Kumana , pripadnika nomadskog plemena poganskih Kipčaka, protjerano je zapadno od Karpata.^[25] Tamo su se Kumani obratili za zaštitu kralju Béli IV.^[26] Iranski narod Jassi došao je u Mađarsku zajedno s Kumanima nakon što su ih Mongoli porazili.Kumani su činili možda do 7-8% stanovništva Ugarske u drugoj polovici 13. stoljeća.^[27] Tijekom stoljeća bili su potpuno asimilirani u mađarsko stanovništvo, njihov jezik je nestao, ali su sačuvali svoj identitet i regionalnu autonomiju sve do 1876. ^[28]Kao posljedica mongolske invazije, kralj Béla naredio je izgradnju stotina kamenih dvoraca i utvrda za pomoć u obrani od moguće druge mongolske invazije.Mongoli su se doista vratili u Mađarsku 1286., ali su ih zaustavili novoizgrađeni sustavi kamenih dvoraca i nove vojne taktike koje su uključivale veći udio teško naoružanih vitezova.Kraljevska vojska kralja Ladislava IV. porazila je mongolsku invaziju u blizini Pešte.Kasnije su invazije također spretno odbijene.Dvorci koje je izgradio Béla IV pokazali su se vrlo korisnima kasnije u dugoj borbi protiv Osmanskog Carstva .Međutim, troškovi njihove izgradnje zadužili su ugarskog kralja kod velikih feudalnih posjednika, tako da je kraljevska vlast koju je Béla IV. povratio nakon što je njegov otac Andrija II. znatno oslabio, ponovno se raspršila među manjim plemstvom.