Grci su se držali na Peloponezu do 1460., a Mlečani i Genovežani držali su se nekih otoka, ali do početka 16. stoljeća cijelu kopnenu Grčku i većinu egejskih otoka koloniziralo je Osmansko Carstvo , isključujući nekoliko lučkih gradova koji su još uvijek bili naseljeni. držali Mlečani (Nafplio, Monemvasia, Parga i Methone najvažniji od njih).Ciklade, u središtu Egeja, službeno su pripojili Osmanlije 1579. godine, iako su bili pod vazalnim statusom od 1530-ih.Cipar je pao 1571., a Mlečani su zadržali Kretu do 1669. Jonskim otocima nikada nisu vladali Osmanlije, s izuzetkom Kefalonije (od 1479. do 1481. i od 1485. do 1500.), i ostali su pod vlašću Mletačke Republike .Upravo je na Jonskim otocima rođena moderna grčka državnost, stvaranjem Republike Sedam otoka 1800. godine.Otomanska Grčka bila je multietničko društvo.Međutim, moderno zapadno poimanje multikulturalizma, iako se na prvi pogled čini kao da odgovara sustavu mileta, smatra se nekompatibilnim s osmanskim sustavom.Grci su s jedne strane dobili neke privilegije i slobode;s drugom su bili izloženi tiraniji koja je proizlazila iz nesavjesnog ponašanja njezinog administrativnog osoblja nad kojim je središnja vlada imala samo udaljenu i nepotpunu kontrolu.Dolaskom Osmanlija dogodile su se dvije grčke seobe.Prva migracija uključila je grčku inteligenciju koja je migrirala u zapadnu Europu i utjecala na dolazak renesanse.Druga seoba uključivala je Grke koji su napustili ravnice grčkog poluotoka i preselili se u planine.Millet sustav pridonio je etničkoj koheziji pravoslavnih Grka segregacijom različitih naroda unutar Osmanskog Carstva na temelju vjere.Grci koji su živjeli u ravnicama tijekom osmanske vladavine bili su ili kršćani koji su se nosili s teretom strane vladavine ili kriptokršćani (grčki muslimani koji su tajno prakticirali grčku pravoslavnu vjeru).Neki su Grci postali kriptokršćani kako bi izbjegli teške poreze i istodobno izrazili svoj identitet održavajući svoje veze s Grčkom pravoslavnom crkvom.Međutim, Grci koji su prešli na islam, a nisu bili kriptokršćani, smatrani su "Turcima" (muslimanima) u očima pravoslavnih Grka, čak i ako nisu usvojili turski jezik.Osmanlije su vladale većim dijelom Grčke do početka 19. stoljeća.Prva samoupravna, još od srednjeg vijeka, helenska država osnovana je tijekom francuskih revolucionarnih ratova, 1800. godine, 21 godinu prije izbijanja grčke revolucije u kopnenoj Grčkoj.Bila je to Septinsularna Republika s Krfom kao glavnim gradom.