עם מותו של פיאודור חסר הילדים ב-7 בינואר 1598, כמו גם רצח השמועות של אחיו הצעיר בהרבה של פיאודור דימיטרי, הובילו את עלייתו של בוריס לשלטון.בחירתו הוצעה על ידי הפטריארך ג'וב ממוסקבה, שהאמין שבוריס הוא האיש היחיד המסוגל להתמודד עם קשיי המצב.עם זאת, בוריס יקבל את כס המלכות רק מהאסיפה הלאומית של זמסקי סובור, שהתכנסה ב-17 בפברואר ובחרה בו פה אחד ב-21 בפברואר.ב-1 בספטמבר הוא הוכתר חגיגית לצאר.הוא זיהה את הצורך של רוסיה להדביק את ההתקדמות האינטלקטואלית של המערב ועשה כמיטב יכולתו להביא לרפורמות חינוכיות וחברתיות.הוא היה הצאר הראשון שייבא מורים זרים בקנה מידה גדול, הראשון ששלח צעירים רוסים לחו"ל כדי להתחנך, והראשון שאפשר בניית כנסיות לותרניות ברוסיה.