זמן קצר לאחר הכתרתו, נאלץ קולומן להתמודד עם בעיות שצבאות מסע הצלב הראשון גרמו בזמן שעברו בהונגריה.במשך עשרות שנים הצליחה הונגריה לספק למספר לא מבוטל של עולי רגל מערב אירופה מזון במהלך מסעם לארץ הקודש, אך תנועתם של עשרות אלפי צלבנים ברחבי המדינה סיכנה את קיום הילידים.הקבוצה הראשונה של צלבנים, בראשות וולטר סאנס אבוי, הגיעה לגבול בתחילת מאי 1096. קולומן קיבל אותם בצורה ידידותית ואיפשר להם להיכנס לממלכה.הוא גם אישר להם לקנות מזון בשווקים, למרות שהקטיף עדיין לא התחיל.הם המשיכו דרך הונגריה ללא סכסוכים גדולים.המגיעים הבאים, ובראשם פיטר הנזיר, הגיעו בסוף מאי או בתחילת יוני.קולומן התיר להם להיכנס להונגריה רק ​​לאחר שפיטר התחייב כי ימנע מהם לבזוז את האזור הכפרי.על פי רישומיו של גיברט מנוגנט, פיטר לא יכול היה לקיים את הבטחתו: הצלבנים "שרפו את האמות הציבוריות..., אנסו בתולות, ביזו מיטות נישואים רבות על ידי סחיפת נשים רבות", למרות ש"ההונגרים, כנוצרים לנוצרים, עשו זאת. הציעו להם בנדיבות הכל למכירה".להקה שלישית של נוסעים צלבניים הגיעה לניטרה (ניטרה, סלובקיה) והחלה לבזוז את האזור.אלה נותבו במהרה על ידי המקומיים.ארמיה רביעית הגיעה למוסון באמצע יוני.קולומן לא הרשה להם לעזוב את האזור, גם בגלל שנודע לו על התנהגותם המטרידה במהלך מסעם, או שהבין שתנועתם ברחבי הונגריה עלולה לסכן את יציבות הכלכלה המקומית.כדי לתפוס מזון ויין, עשו הצלבנים פשיטות ביזה תכופות נגד ההתנחלויות הסמוכות.קולומן החליט לתקוף אותם, אך מפקדי הצבא שכנעו אותו לשכנע את הצלבנים למסור את נשקם וכספם, והבטיחו להם שיסופקו להם מזון במהלך מסעם.לאחר שנוסעי הצלב פורקו מנשקם, חייליו של קולומן תקפו וטבחו בהם ליד פאנונהלמה בתחילת יולי.