בבחירות 1997 השיגה המפלגה השמרנית רוב משמעותי, מה שאיפשר לה לתקן את החוקה כדי לצמצם את הבלמים והאיזונים בכוחו של ראש הממשלה.נוואז שריף התמודד עם אתגרים מוסדיים מצד דמויות מפתח כמו הנשיא פארוק לגארי, יו"ר ועדת ראשי המטות המשולבים גנרל ג'האנגיר קראמט, ראש הסגל הימי אדמירל פאסיה בוכרי והשופט הראשי סאג'אד עלי שאה.שריף הצליח להתמודד עם האתגרים הללו, והביא להתפטרותם של כל הארבעה, כאשר השופט העליון שאה פרש מתפקידו לאחר שבית המשפט העליון הסתער על ידי תומכיו של שריף.המתיחות עם הודו הסלימה ב-1998 בעקבות ניסויים גרעיניים הודיים (מבצע שאקטי).בתגובה, שריף כינס ישיבת ועדת הגנה של הקבינט ולאחר מכן הורה על ניסויים גרעיניים של פקיסטן עצמה בגבעות צ'גאי.פעולה זו, אף על פי שזכתה לגינוי בינלאומי, הייתה פופולרית מקומית והגבירה את המוכנות הצבאית לאורך הגבול ההודי .התגובה החריפה של שריף לביקורת הבינלאומית בעקבות הניסויים הגרעיניים כללה גינוי של הודו על הפצת נשק גרעיני וביקורת על ארצות הברית על השימוש ההיסטורי שלה בנשק גרעיניביפן :העולם, במקום להפעיל לחץ על [הודו]... לא ללכת בדרך ההרסנית... הטיל כל מיני סנקציות על [פקיסטאן] שלא באשמתה...!אם ליפן הייתה יכולת גרעינית משלה...[הערים]...הירושימה ונגסאקי לא היו סובלים מהרס אטומי מידי... ארצות הבריתבהנהגתו, הפכה פקיסטן למדינת הנשק הגרעיני המוכרזת השביעית והראשונה בעולם המוסלמי.בנוסף לפיתוח גרעיני, ממשלתו של שריף יישמה מדיניות סביבתית על ידי הקמת הסוכנות להגנת הסביבה של פקיסטן.בהמשך למדיניות התרבות של בוטו, שריף אפשר גישה מסוימת לתקשורת ההודית, מה שסימן שינוי קל במדיניות התקשורת.