נשיאותו של פרבז מושארף מ-1999 עד 2007 סימנה את הפעם הראשונה שכוחות ליברליים החזיקו בכוח משמעותי בפקיסטן.הוכנסו יוזמות לליברליזציה כלכלית, הפרטה וחופש תקשורתי, כאשר בכיר בסיטיבנק, שאוקת עזיז, השתלט על הכלכלה.ממשלתו של מושארף העניקה חנינה לעובדים פוליטיים ממפלגות ליברליות, תוך שהדיחה שמרנים ושמאלנים.מושארף הרחיב באופן משמעותי את התקשורת הפרטית, במטרה להתמודד עם השפעתה התרבותית של הודו.בית המשפט העליון הורה על בחירות כלליות עד אוקטובר 2002, ומושארף אישר את הפלישה האמריקנית לאפגניסטן ב-2001. המתיחות עם הודו על קשמיר הובילה לעימות צבאי ב-2002.משאל העם של מושארף ב-2002, שנחשב שנוי במחלוקת, האריך את כהונתו הנשיאותית.בבחירות הכלליות של 2002 זכו הליברלים והמרכזים ברוב, והקימו ממשלה בתמיכתו של מושארף.התיקון ה-17 לחוקה של פקיסטן נתן לגיטימציה רטרואקטיבית לפעולותיו של מושארף והאריך את כהונתו.שאוקת עזיז התמנה לראש ממשלה ב-2004, כשהיא מתמקדת בצמיחה כלכלית אך מתמודדת עם התנגדות לרפורמות חברתיות.מושארף ועזיז שרדו מספר ניסיונות חיסול הקשורים לאל-קאעידה.מבחינה בינלאומית, האשמות על הפצת נשק גרעיני פגעו באמינותן.האתגרים המקומיים כללו סכסוכים באזורים שבטיים והפוגה עם הטליבאן ב-2006, אם כי האלימות העדתית נמשכה.