ב-2007 ניסה נוואז שריף לחזור מהגלות אך נחסם.בנזיר בוטו חזר מגלות של שמונה שנים, והתכונן לבחירות 2008, אך היה יעד לפיגוע התאבדות קטלני.הכרזתו של מושארף על מצב חירום בנובמבר 2007, שכלל פיטורי שופטי בית המשפט העליון ואיסור על תקשורת פרטית, הובילה להפגנות נרחבות.שריף חזר לפקיסטן בנובמבר 2007, עם תומכיו במעצר.גם שריף וגם בוטו הגישו מועמדות לבחירות הקרובות.בוטו נרצחה בדצמבר 2007, מה שהוביל למחלוקת ולחקירות על סיבת מותה המדויקת.הבחירות, שתוכננו תחילה ל-8 בינואר 2008, נדחו עקב רצח בוטו.הבחירות הכלליות בפקיסטן ב-2008 סימנו שינוי פוליטי משמעותי, כאשר מפלגת העמים של פקיסטן (PPP) הנוטה לשמאל והליגה המוסלמית הפקיסטן השמרנית (PML) זכו ברוב המושבים.בחירות אלה סיימו למעשה את הדומיננטיות של הברית הליברלית שהייתה בולטת בתקופת שלטונו של מושארף.יוסף רזא גילאני, המייצג את ה-PPP, הפך לראש הממשלה ופעל להתגבר על מבוי סתום במדיניות ולהוביל תנועה להדיפת הנשיא פרבז מושארף.ממשלת הקואליציה, בראשות גילאני, האשימה את מושארף בפגיעה באחדות פקיסטן, בהפרת החוקה ובתרומה למבוי סתום כלכלי.מאמצים אלה הגיעו לשיאם בהתפטרותו של מושארף ב-18 באוגוסט 2008, בנאום ששודר לאומה בטלוויזיה, ובכך סיים את שלטונו בן תשע השנים.