בשנת 1999, פקיסטן חוותה הפיכה צבאית ללא דם בהנהגת הגנרל פרבז מושארף והצוות הצבאי במטה המטה המשותף.ב-12 באוקטובר הם תפסו את השליטה מהממשלה האזרחית של ראש הממשלה נוואז שריף.יומיים לאחר מכן, מושארף, כמנכ"ל, השעה באופן שנוי במחלוקת את חוקת פקיסטן.ההפיכה נבעה מהסלמה במתיחות בין הממשל של שריף לצבא, במיוחד עם הגנרל מושארף.ניסיונו של שריף להחליף את מושארף בסגן-גנרל זיאודין באט כמפקד הצבא נתקל בהתנגדות של בכירים בצבא והוביל למעצרו של באט.ביצוע ההפיכה היה מהיר.תוך 17 שעות, מפקדים צבאיים תפסו מוסדות ממשלתיים מרכזיים, והכניסו את שריף והממשל שלו, כולל אחיו, למעצר בית.הצבא השתלט גם על תשתית תקשורת קריטית.בית המשפט העליון של פקיסטן, בראשות השופט העליון אירשד חסן חאן, אישר את החוק הצבאי על פי "דוקטרינת הכרח", אך הגביל את משכו לשלוש שנים.שריף נשפט והורשע בגין סיכון חיים על סיפון מטוס שהוביל את מושארף, החלטה שעוררה מחלוקת.בדצמבר 2000, מושארף חנן באופן בלתי צפוי את שריף, שטס אז לסעודיה.בשנת 2001 הפך מושארף לנשיא לאחר שאילץ את הנשיא רפיק טאראר להתפטר.משאל עם לאומי באפריל 2002, שנמתח על ידי רבים כהונאה, האריך את שלטונו של מושארף.הבחירות הכלליות של 2002 ראו חזרה לדמוקרטיה, כאשר PML(Q) של מושארף הקימה ממשלת מיעוט.