בשנות ה-90, המשטר הצבאי של מיאנמר המשיך לשלוט למרות שהליגה הלאומית לדמוקרטיה (NLD) ניצחה בבחירות הרב-מפלגתיות ב-1990. מנהיגי NLD טין או ואונג סן סו צ'י הוחזקו במעצר בית, והצבא עמד בפני לחץ בינלאומי הולך וגובר לאחר סואו. צ'י זכתה בפרס נובל לשלום ב-1991. בהחלפתו של סאו מאונג בגנרל Than Shwe ב-1992, המשטר הקל על כמה מגבלות אך שמר על אחיזתו בשלטון, כולל עצירת ניסיונות לנסח חוקה חדשה.לאורך העשור נאלץ המשטר לטפל בהתקוממויות אתניות שונות.הסכמי הפסקת אש בולטים נערכו עם כמה קבוצות שבטיות, אם כי שלום מתמשך עם הקבוצה האתנית קארן נותר חמקמק.בנוסף, הלחץ האמריקני הוביל לעסקה עם Khun Sa, איש אופיום, בשנת 1995. למרות האתגרים הללו, היו ניסיונות למודרניזציה של המשטר הצבאי, כולל שינוי השם של המועצה לשלום ופיתוח המדינה (SPDC) ב-1997 ומעבר הבירה מיאנגון עד נייפיידאו ב-2005.הממשלה הכריזה על "מפת דרכים לדמוקרטיה" בת שבעה שלבים ב-2003, אך לא היה לוח זמנים או תהליך אימות, מה שהוביל לספקנות מצד משקיפים בינלאומיים.הוועידה הלאומית התכנסה מחדש ב-2005 כדי לשכתב את החוקה, אך לא כללה קבוצות פרו-דמוקרטיות גדולות, מה שהוביל לביקורת נוספת.הפרות של זכויות אדם, כולל עבודת כפייה, הובילו את ארגון העבודה הבינלאומי לבקש העמדה לדין של חברי החונטה על פשעים נגד האנושות בשנת 2006. ^[90]