במהלך מלחמת בוסניה ומלחמת קרואטיה בשנים 1991–1995, השתתפה מונטנגרו עם כוחות המשטרה והצבא שלה בהתקפות על דוברובניק, קרואטיה וערי בוסניה יחד עם חיילים סרבים, פעולות אגרסיביות שמטרתן רכישת שטחים נוספים בכוח, המאופיינת בדפוס עקבי של הפרות גסות ושיטתיות של זכויות אדם.הגנרל המונטנגרי פאבל סטרוגר הורשע מאז על חלקו בהפצצת דוברובניק.פליטים בוסנים נעצרו על ידי משטרת מונטנגרו והועברו למחנות סרבים בפוק'ה, שם הם עברו עינויים שיטתיים והוצאו להורג.במאי 1992, האו"ם הטיל אמברגו על FRY: זה השפיע על היבטים רבים של החיים במדינה.בשל מיקומה הגיאוגרפי המועדף (גישה לים האדריאטי וחיבור מים לאלבניה מעבר לאגם סקדר) הפכה מונטנגרו למוקד לפעילות הברחה.כל הייצור התעשייתי של מונטנגרו נעצר, והפעילות הכלכלית העיקרית של הרפובליקה הפכה להברחה של מוצרי משתמש - במיוחד אלה המצויים במחסור כמו בנזין וסיגריות, ששניהם זינקו במחיר.זה הפך לפרקטיקה חוקית דה פקטו וזה נמשך שנים.במקרה הטוב, ממשלת מונטנגרו העלימה עין מהפעילות הבלתי חוקית, אך בעיקר היא לקחה בה חלק פעיל.הברחות גרמו למיליונרים מכל מיני אנשים מפוקפקים, כולל פקידי ממשל בכירים.מילו דוקנוביץ' ממשיך להתמודד עם פעולות בבתי משפט איטלקיים שונים על תפקידו בהברחות נרחבות במהלך שנות ה-90 ובמתן מקלט בטוח במונטנגרו לאנשי מאפיה איטלקית שונים שלכאורה גם לקחו חלק בשרשרת הפצת ההברחות.