ראג'ה היג'או, המלכה הירוקה, עלתה לכס המלכות של פטאני בשנת 1584 עקב מחסור ביורשים גברים.היא הכירה בסמכות הסיאמית ואימצה את התואר פרקאו.תחת שלטונה, שנמשך 32 שנים, שגשגה פטאני, והפכה למרכז תרבותי ולמרכז סחר בולט.סוחרים סינים, מלאים, סיאמיים, פורטוגזיים, יפניים, הולנדים ואנגלים פקדו את פטאני, ותרמו לצמיחה הכלכלית שלה.סוחרים סינים, במיוחד, מילאו תפקיד מרכזי בעלייתה של פטאני כמרכז מסחר, וסוחרים אירופאים ראו בפטאני שער כניסה לשוק הסיני.לאחר שלטונו של ראג'ה היג'או, פטאני נשלטה על ידי רצף של מלכות, כולל ראג'ה בירו (המלכה הכחולה), ראג'ה אונגו (המלכה הסגולה) וראג'ה קונינג (המלכה הצהובה).ראג'ה בירו שילב את סולטנות קלנטן בפטאני, בעוד ראג'ה אונגו יצר בריתות והתנגד לשליטה סיאמית, מה שהוביל לעימותים עם סיאם.שלטונו של ראג'ה קונינג סימן ירידה בכוחו ובהשפעתו של פטאני.היא חיפשה פיוס עם הסיאמיים, אך שלטונה התאפיין בחוסר יציבות פוליטית וירידה במסחר.עד אמצע המאה ה-17, כוחן של מלכות הפטאני דעך, ואי סדר פוליטי פקד את האזור.ראג'ה קונינג הודח לכאורה על ידי הראג'ה של קלנטן בשנת 1651, מה שפתח את השושלת הקלאנטנית בפטאני.האזור התמודד עם מרידות ופלישות, בעיקר מאיותאיה.עד סוף המאה ה-17, תסיסה פוליטית והפקרות הרתיעו סוחרים זרים לסחור עם פטאני, מה שהוביל לדעיכתו כפי שמתואר במקורות סיניים.