מלחמת האזרחים החשמונאית הייתה עימות משמעותי בהיסטוריה היהודית שהוביל לאובדן העצמאות היהודית.זה התחיל כמאבק כוחות בין שני אחים, הורקנוס ואריסטבולוס, שהתחרו על הכתר היהודי החשמונאי.אריסטובולוס, הצעיר והשאפתני יותר מבין השניים, ניצל את קשריו כדי להשתלט על ערים מוקפות חומה ושכר שכירי חרב כדי להכריז על עצמו כמלך בעוד אמם, אלכסנדרה, עדיין בחיים.פעולה זו הביאה לעימות בין שני האחים ולתקופה של סכסוכים אזרחיים.המעורבות הנבטית סיבכה עוד יותר את הסכסוך כאשר אנטיפטרוס האידומי שכנע את הורקנוס לבקש תמיכה מארטאס השלישי, מלך הנבטים.הורקנוס עשה עסקה עם ארטאס, והציע להחזיר 12 ערים לנבטים בתמורה לסיוע צבאי.בתמיכת הכוחות הנבטים התעמת הורקנוס עם אריסטובולוס, מה שהוביל למצור על ירושלים.המעורבות הרומית קבעה בסופו של דבר את תוצאות הסכסוך.הורקנוס וגם אריסטובולוס ביקשו תמיכה מפקידים רומיים, אך פומפיוס, גנרל רומי, צידד בסופו של דבר בהורקנוס.הוא הטיל מצור על ירושלים, ולאחר קרב ארוך ואינטנסיבי הצליחו כוחותיו של פומפיוס לפרוץ את הגנות העיר, והביאו לכבוש את ירושלים.אירוע זה סימן את סופה של עצמאותה של שושלת חשמונאי, כאשר פומפיוס החזיר את הורקנוס לכהן הגדול אך שלל ממנו את תואר המלוכה שלו, ובכך ביסס את ההשפעה הרומית על יהודה.יהודה נותרה אוטונומית אך הייתה חייבת לתת כבוד ותלויה בממשל הרומי בסוריה.הממלכה בותרה;היא נאלצה לוותר על מישור החוף, ומונעת ממנו גישה לים התיכון, כמו גם לחלקים מאידומאה ושומרון.כמה ערים הלניסטיות קיבלו אוטונומיה להקים את הדקאפוליס, מה שהותיר את המדינה מצומצמת מאוד.