Au XVIe siècle, les mouvements de Réforme protestante ont fait de profondes incursions dans le christianisme polonais et la Réforme qui en a résulté en Pologne a impliqué un certain nombre de dénominations différentes.Les politiques de tolérance religieuse qui se sont développées en Pologne étaient presque uniques en Europe à cette époque et beaucoup de ceux qui ont fui les régions déchirées par les conflits religieux ont trouvé refuge en Pologne.Les règnes du roi Sigismond Ier l'Ancien (1506-1548) et du roi Sigismond II Auguste (1548-1572) ont été témoins d'une intense culture de la culture et de la science (un âge d'or de la Renaissance en Pologne), dont l'astronome Nicolaus Copernicus (1473 –1543) est le représentant le plus connu.Jan Kochanowski (1530-1584) était un poète et la première personnalité artistique de l'époque.En 1525, sous le règne de Sigismond Ier, l'Ordre teutonique est sécularisé et le duc Albert accomplit un acte d'hommage devant le roi de Pologne (l'Hommage prussien) pour son fief, le duché de Prusse.La Mazovie a finalement été entièrement incorporée à la couronne polonaise en 1529.Le règne de Sigismond II met fin à la période jagellonne, mais donne lieu à l'Union de Lublin (1569), ultime accomplissement de l'union avec la Lituanie.Cet accord a transféré l'Ukraine du Grand-Duché de Lituanie à la Pologne et a transformé la politique polono-lituanienne en une véritable union, la préservant au-delà de la mort de Sigismond II sans enfant, dont la participation active a rendu possible l'achèvement de ce processus.La Livonie dans l'extrême nord-est a été incorporée par la Pologne en 1561 et la Pologne est entrée dans la guerre de Livonie contre le Tsardom de Russie .Le mouvement d'exécution, qui a tenté de contrôler la domination progressive de l'État par les familles de magnats de Pologne et de Lituanie, a culminé au Sejm de Piotrków en 1562-1563.Sur le plan religieux, les Frères polonais se séparent des calvinistes et la Bible protestante de Brest est publiée en 1563. Les jésuites, arrivés en 1564, sont destinés à avoir un impact majeur sur l'histoire de la Pologne.