Lapsettoman Feodorin kuolema 7. tammikuuta 1598 sekä Feodorin paljon nuoremman veljen Dimitryn salamurha johtivat Borisin valtaannousuun.Hänen valintaansa ehdotti Moskovan patriarkka Job, joka uskoi, että Boris oli ainoa mies, joka pystyi selviytymään tilanteen vaikeuksista.Boris kuitenkin hyväksyisi valtaistuimen vain Zemsky Soborilta (kansalliskokous), joka kokoontui 17. helmikuuta ja valitsi hänet yksimielisesti 21. helmikuuta.Hänet kruunattiin 1. syyskuuta juhlallisesti tsaariksi.Hän tunnusti Venäjän tarpeen saada kiinni lännen älylliseen kehitykseen ja teki parhaansa koulutuksen ja sosiaalisten uudistusten toteuttamiseksi.Hän oli ensimmäinen tsaari, joka toi maahan suuressa mittakaavassa ulkomaisia ​​opettajia, ensimmäinen, joka lähetti nuoria venäläisiä ulkomaille kouluttautumaan, ja ensimmäinen, joka salli luterilaisten kirkkojen rakentamisen Venäjälle.