Pervez Musharrafin presidenttikausi 1999–2007 oli ensimmäinen kerta, kun liberaaleilla voimilla oli merkittävä valta Pakistanissa.Talouden vapauttamista, yksityistämistä ja median vapautta koskevia aloitteita otettiin käyttöön, ja Citibankin johtaja Shaukat Aziz otti talouden hallintaansa.Musharrafin hallitus myönsi armahduksen liberaalipuolueiden poliittisille työntekijöille ja syrjäytti konservatiivit ja vasemmistolaiset.Musharraf laajensi merkittävästi yksityistä mediaa vastustaakseen Intian kulttuurista vaikutusta.Korkein oikeus määräsi parlamenttivaalit lokakuuhun 2002 mennessä, ja Musharraf hyväksyi Yhdysvaltojen hyökkäyksen Afganistaniin vuonna 2001. Jännitteet Intian kanssa Kashmirista johtivat sotilaalliseen vastakkainasettelun vuonna 2002.Musharrafin vuoden 2002 kansanäänestys, jota pidettiin kiistanalaisena, pidensi hänen presidenttikauttaan.Vuoden 2002 parlamenttivaaleissa liberaalit ja keskustalaiset saivat enemmistön ja muodostivat hallituksen Musharrafin tukemana.Pakistanin perustuslain 17. muutos laillisti takautuvasti Musharrafin toimet ja jatkoi hänen presidenttikauttaan.Shaukat Azizista tuli pääministeri vuonna 2004, ja hän keskittyi talouskasvuun, mutta vastusti sosiaalisia uudistuksia.Musharraf ja Aziz selvisivät useista al-Qaidaan liittyvistä salamurhayrityksistä.Kansainvälisesti väitteet ydinaseiden leviämisestä tahrasivat niiden uskottavuutta.Kotimaisia ​​haasteita olivat konfliktit heimoalueilla ja aselepo Talebanin kanssa vuonna 2006, vaikka lahkoväkivalta jatkui.