Vuonna 1958 Pakistanin parlamentaarinen järjestelmä päättyi sotatilalain käyttöön.Julkinen pettymys siviilibyrokratian ja -hallinnon korruptioon johti kenraali Ayub Khanin toiminnan tukemiseen.^[16] Sotilashallitus toteutti merkittäviä maareformeja ja pakotti Elective Bodies Disqualification Orderin, joka esti HS Suhrawardyn julkisen viran.Khan esitteli "Perusdemokratian", uuden presidenttijärjestelmän, jossa 80 000 vaalikollegio valitsi presidentin ja julisti vuoden 1962 perustuslain.^[17] Vuonna 1960 Ayub Khan sai kansan tuen kansallisessa kansanäänestyksessä siirtyessään armeijasta perustuslailliseen siviilihallitukseen.^[16]Merkittäviä tapahtumia Ayub Khanin presidenttikaudella olivat pääkaupungin infrastruktuurin siirtäminen Karachista Islamabadiin.Tätä "suurena vuosikymmenenä" tunnettua aikakautta juhlitaan sen taloudellisen kehityksen ja kulttuuristen muutosten vuoksi ^[18] , mukaan lukien popmusiikin, elokuvan ja draamateollisuuden nousu.Ayub Khan yhdisti Pakistanin Yhdysvaltojen ja länsimaailman kanssa liittymällä Keski-sopimusjärjestöön (CENTO) ja Kaakkois-Aasian sopimusjärjestöön (SEATO).Yksityinen sektori kasvoi, ja maa edistyi koulutuksen, inhimillisen kehityksen ja tieteen aloilla, mukaan lukien avaruusohjelman käynnistäminen ja ydinvoimaohjelman jatkaminen.^[18]U2-vakoilukoneen välikohtaus vuonna 1960 paljasti kuitenkin Yhdysvaltain salaiset operaatiot Pakistanista, mikä vaaransi kansallisen turvallisuuden.Samana vuonna Pakistan allekirjoitti Indus-vesisopimuksen Intian kanssa suhteiden normalisoimiseksi.^[19] Suhteet Kiinaan vahvistuivat erityisesti Kiinan ja Intian sodan jälkeen, mikä johti rajasopimukseen vuonna 1963, joka muutti kylmän sodan dynamiikkaa.Vuonna 1964 Pakistanin asevoimat tukahduttivat epäillyn kommunistista kannattavan kapinan Länsi-Pakistanissa, ja vuonna 1965 Ayub Khan voitti niukasti kiistanalaiset presidentinvaalit Fatima Jinnahia vastaan.