1990-luvulla Myanmarin sotilashallinto jatkoi hallintaansa huolimatta siitä, että National League for Democracy (NLD) voitti monipuoluevaalit vuonna 1990. NLD:n johtajat Tin Oo ja Aung San Suu Kyi pidettiin kotiarestissa, ja armeija kohtasi lisääntyvää kansainvälistä painetta Suun jälkeen. Kyi voitti Nobelin rauhanpalkinnon vuonna 1991. Korvaamalla Saw Maungin kenraali Than Shwella vuonna 1992 hallinto lievensi joitain rajoituksia, mutta säilytti otteensa vallasta, mukaan lukien jarrutusyritykset laatia uusi perustuslaki.Koko vuosikymmenen ajan hallinnon oli puututtava erilaisiin etnisiin kapinoihin.Merkittäviä tulitaukosopimuksia neuvoteltiin useiden heimoryhmien kanssa, vaikka pysyvä rauha karenien etnisen ryhmän kanssa jäi vaikeaksi.Lisäksi Yhdysvaltojen painostus johti sopimukseen oopiumisotapäällikön Khun Sa:n kanssa vuonna 1995. Näistä haasteista huolimatta sotilashallintoa yritettiin modernisoida, mukaan lukien nimenmuutos valtion rauhan ja kehitysneuvostoksi (SPDC) vuonna 1997 ja muutto. pääkaupunki Yangonista Naypyidawiin vuonna 2005.Hallitus julkisti seitsemän vaiheen "demokratian etenemissuunnitelman" vuonna 2003, mutta aikataulua tai varmistusprosessia ei ollut, mikä johti kansainvälisten tarkkailijoiden skeptisyyteen.Kansallinen valmistelukunta kokoontui uudelleen vuonna 2005 laatimaan perustuslain uudelleen, mutta sulki pois suuret demokratiaa kannattavat ryhmät, mikä johti lisäkritiikkiin.Ihmisoikeusloukkaukset, mukaan lukien pakkotyö, saivat Kansainvälisen työjärjestön asettamaan juntan jäsenet syytteeseen rikoksista ihmisyyttä vastaan ​​vuonna 2006. ^[90]