Toisen maailmansodan aikana Benito Mussolinin johtamaItalia miehitti Montenegron vuonna 1941 ja liitti Italian kuningaskuntaan Kotorin (Cattaron) alueen, jossa oli pieni venetsiaa puhuva väestö.Montenegron nukkekuningaskunta luotiin fasistien hallinnassa, kun Krsto Zrnov Popović palasi maanpaosta Roomassa vuonna 1941 yrittääkseen johtaa Zelenaši-puoluetta ("Vihreä"), joka tuki Montenegron monarkian palauttamista.Tätä miliisiä kutsuttiin Lovćen-prikaatiks.Montenegroa tuhosi kauhea sissisota, pääasiassa sen jälkeen, kun natsi-Saksa korvasi lyöneet italialaiset syyskuussa 1943.Toisen maailmansodan aikana, kuten monissa muissa Jugoslavian osissa, Montenegro oli mukana jonkinlaisessa sisällissodassa.Montenegron vihreiden lisäksi kaksi pääryhmää olivat Jugoslavian tšetnik-armeija, joka vannoi uskollisuutta maanpaossa olevalle hallitukselle ja koostui pääasiassa serbeiksi julistautuneista montenegrolaisista (monet sen jäsenistä olivat Montenegron valkoisia) ja Jugoslavian partisaaneja, joiden tavoitteena oli luoda sosialistisesta Jugoslaviasta sodan jälkeen.Koska molemmilla ryhmittymillä oli joitain yhtäläisyyksiä tavoitteissaan, erityisesti niissä, jotka koskivat yhtenäistä Jugoslaviaa ja akselin vastaista vastarintaa, osapuolet liittyivät yhteen ja aloittivat vuonna 1941 heinäkuun 13. päivän kansannousun, ensimmäisen järjestäytyneen kansannousun miehitetyssä Euroopassa.Tämä tapahtui vain kaksi kuukautta sen jälkeen, kun Jugoslavia antautui ja vapautti suurimman osan Montenegron alueesta, mutta kapinalliset eivät kyenneet saamaan takaisin suuria kaupunkeja.Epäonnistuneiden Pljevljan ja Kolasinin kaupunkien vapauttamisyritysten jälkeen italialaiset valtasivat saksalaisten tukemana takaisin kaiken kapinallisen alueen.Johdon tasolla erimielisyydet valtion politiikasta (keskimonarkia vs. sosialistinen liittotasavalta) johtivat lopulta jakautumiseen kahden osapuolen välillä;Siitä lähtien heistä tuli vihollisia.Molemmat ryhmät yrittivät jatkuvasti saada tukea väestön keskuudessa.Kuitenkin lopulta Montenegron tšetnikit menettivät kannatuksensa väestön keskuudessa, samoin kuin muut Jugoslavian tšetnik-ryhmät.Montenegron tšetnikkien tosiasiallinen johtaja Pavle Djurisic sekä muut liikkeen näkyvät henkilöt, kuten Dusan Arsovic ja Đorđe Lašić, pidettiin vastuussa muslimiväestön joukkomurhista Itä-Bosniassa ja Sandzakissa vuonna 1944. Heidän ideologiansa homogeenisesta Serbiasta Jugoslaviassa osoittautui suureksi esteeksi värvätä liberaaleja, vähemmistöjä ja montenegrolaisia, jotka pitivät Montenegroa kansakuntana, jolla on oma identiteetti.Nämä tekijät, sen lisäksi, että jotkut tšetnikit neuvottelivat akselin kanssa, johtivat Jugoslavian tšetnik-armeijan tuen menettämiseen liittoutuneiden keskuudessa vuonna 1943. Samana vuonna Italia, joka oli siihen asti vastuussa miehitetystä vyöhykkeestä, antautui. ja sen tilalle tuli Saksa, ja taistelut jatkuivat.Sosialistiset partisaanit vapauttivat Podgorican 19. joulukuuta 1944, ja vapaussota oli voitettu.Josip Broz Tito tunnusti Montenegron massiivisen panoksen sodassa akselivaltoja vastaan ​​perustamalla sen yhdeksi Jugoslavian kuudesta tasavallasta.