Vuosien 1991–1995 Bosnian sodan ja Kroatian sodan aikana Montenegro osallistui poliisi- ja sotilasjoukkoineen hyökkäyksiin Dubrovnikiin, Kroatiaan ja Bosnian kaupunkeihin sekä Serbian joukkoihin, aggressiivisiin tekoihin, joiden tarkoituksena oli hankkia lisää alueita väkivalloin, joille oli ominaista johdonmukainen törkeät ja järjestelmälliset ihmisoikeusloukkaukset.Montenegrolainen kenraali Pavle Strugar on sittemmin tuomittu osallisuudestaan ​​Dubrovnikin pommi-iskussa.Montenegron poliisi pidätti bosnialaiset pakolaiset ja kuljetettiin serbien leireille Fočaan, missä heidät kidutettiin järjestelmällisesti ja teloitettiin.Toukokuussa 1992 Yhdistyneet Kansakunnat asetti Jugoslavian liittotasavallan kauppasaarron: tämä vaikutti moniin elämän osa-alueisiin maassa.Suotuisan maantieteellisen sijaintinsa ansiosta (pääsy Adrianmerelle ja vesiyhteys Albaniaan Skadar-järven yli) Montenegrosta tuli salakuljetustoiminnan keskus.Koko Montenegron teollisuustuotanto oli pysähtynyt, ja tasavallan pääasialliseksi taloudelliseksi toimialaksi muodostui käyttötavaroiden salakuljetus – erityisesti pulaa olevien, kuten bensiinin ja savukkeiden, joiden hinnat nousivat pilviin.Siitä tuli de facto laillistettu käytäntö ja se jatkui vuosia.Parhaimmillaan Montenegron hallitus sulki silmänsä laittomalta toiminnalta, mutta enimmäkseen se osallistui siihen aktiivisesti.Salakuljetus teki miljonäärejä kaikenlaisista hämäristä henkilöistä, myös korkeista valtion virkamiehistä.Milo Đukanović joutuu edelleen kohtaamaan kanteita useissa italialaisissa tuomioistuimissa hänen roolistaan ​​laajalle levinneessä salakuljetuksessa 1990-luvulla ja turvapaikan tarjoamisessa Montenegrossa eri italialaisille mafiahahmoille, joiden väitetään myös osallistuneen salakuljetuksen jakeluketjuun.