Uusi sulttaani perusti uuden pääkaupungin Johor-joen varrelle ja jatkoi sieltä portugalilaisten häirintää pohjoisessa.Hän työskenteli jatkuvasti yhdessä Perakissa sijaitsevan veljensä ja Pahangin sulttaanin kanssa valloittaakseen Malaccan, jota tähän mennessä suojeli A Famosan linnoitus.Sumatran pohjoisosassa suunnilleen samaan aikaan Acehin sulttaanikunta alkoi saada huomattavaa vaikutusvaltaa Malakan salmeen.Malakan kaatuessa kristittyjen käsiin muslimikauppiaat ohittivat Malakan usein Acehin tai myös Johorin pääkaupungin Johor Laman (Kota Batu) hyväksi.Siksi Malackasta ja Acehista tuli suoria kilpailijoita.Kun portugalilaiset ja Johor lukitsivat sarvet usein, Aceh aloitti useita hyökkäyksiä molempia puolia vastaan ​​tiukentaakseen otettaan salmien yli.Acehin nousu ja laajentuminen rohkaisivat portugalilaisia ​​ja Johoria allekirjoittamaan aselevon ja kääntämään huomionsa Acehiin.Aselepo oli kuitenkin lyhytaikainen ja Acehin heikentyessä vakavasti Johor ja portugalilaiset olivat jälleen toistensa edessä.Sulttaani Iskandar Mudan vallan aikana Aceh hyökkäsi Johoria vastaan ​​vuonna 1613 ja uudelleen vuonna 1615. ^[54]