Perakin sulttaanikunnan perusti 1500-luvun alussa Perak-joen rannoille Muzaffar Shah I, Mahmud Shahin, Malakan 8. sulttaanin, vanhin poika.Sen jälkeen kun portugalilaiset vangitsivat Malaccan vuonna 1511, Muzaffar Shah etsi turvaa Siakista Sumatralla ennen kuin nousi valtaistuimelle Perakissa.Hänen Perakin sulttaanikunnan perustamista auttoivat paikalliset johtajat, mukaan lukien Tun Saban.Uuden sultanaatin alaisuudessa Perakin hallinto kasvoi organisoidummaksi demokraattisessa Malakassa harjoitetussa feodaalisessa järjestelmässä.1500-luvun edetessä Perakista tuli tärkeä tinamalmin lähde, joka houkutteli alueellisia ja kansainvälisiä kauppiaita.Sultanaatin nousu kiinnitti kuitenkin voimakkaan Acehin sulttaanikunnan huomion, mikä johti jännitteiden ja vuorovaikutusten ajanjaksoon.Koko 1570-luvun Aceh ahdisteli jatkuvasti osia Malaijan niemimaalla.1570-luvun lopulla Acehin vaikutus oli ilmeinen, kun Perakin sulttaani Mansur Shah I katosi salaperäisesti, mikä lisäsi spekulaatioita hänen sieppauksestaan ​​Acehnesen joukkojen toimesta.Tämä johti siihen, että sulttaanin perhe vietiin vangiksi Sumatralle.Seurauksena oli, että Perak oli hetken Acehnesin hallinnassa, kun Acehnesen prinssi nousi Perakin valtaistuimelle sulttaani Ahmad Tajuddin Shahina.Silti Acehin vaikutuksista huolimatta Perak pysyi itsenäisenä vastustaen sekä acehnilaisten että siamilaisten hallintaa.Acehin ote Perakista alkoi heikentyä hollantilaisen East India Companyn (VOC) saapuessa 1600-luvun puolivälissä.Aceh ja VOC kilpailivat Perakin tuottoisan tinakaupan hallinnasta.Vuoteen 1653 mennessä he pääsivät kompromissiin allekirjoittamalla sopimuksen, joka myönsi Alankomaille yksinoikeudet Perakin tinaan.1600-luvun lopulla, Johorin sulttaanikunnan taantuessa, Perak nousi Malakka-suvun viimeisenä perillisenä, mutta se kohtasi sisäisiä kiistoja, mukaan lukien 40 vuotta kestänyt sisällissota 1700-luvulla tinatuloista.Tämä levottomuus huipentui vuonna 1747 tehtyyn sopimukseen hollantilaisten kanssa, mikä tunnusti heidän monopolinsa tinakaupassa.