Miehityksen aikana etniset jännitteet nousivat ja nationalismi kasvoi.^[82] Iso -Britannia oli konkurssissa ja uusi työväenpuolueen hallitus halusi vetää joukkonsa idästä.Mutta useimmat malaijat olivat enemmän huolissaan puolustaa itseään MCP:tä vastaan ​​kuin vaatia itsenäisyyttä briteistä.Vuonna 1944 britit laativat suunnitelmat Malaijin unionista, joka muuttaisi liittovaltion ja federaation liittämättömät Malaijin osavaltiot sekä Penang ja Malacca (mutta ei Singapore ) yhdeksi kruunun siirtomaaksi itsenäistymistä silmällä pitäen.Tämä mahdolliseen itsenäistymiseen tähtäävä siirto kohtasi malaijilaisten huomattavaa vastustusta, mikä johtui ensisijaisesti ehdotetun tasa-arvoisen kansalaisuuden myöntämisestä etnisille kiinalaisille ja muille vähemmistöille.Britit pitivät näitä ryhmiä uskollisempina sodan aikana kuin malaijat.Tämä vastustus johti Malaijien liiton hajoamiseen vuonna 1948 ja väistyi Malajan liittovaltiolle, joka säilytti Malaijilaisten osavaltioiden hallitsijoiden autonomian Britannian suojeluksessa.Samanaikaisesti näiden poliittisten muutosten kanssa Malajan kommunistinen puolue (MCP), jota tukivat pääasiassa etniset kiinalaiset, vahvistui.MCP, alun perin laillinen puolue, oli siirtynyt kohti sissisotaa pyrkiessään karkottamaan britit Malayasta.Heinäkuuhun 1948 mennessä Britannian hallitus julisti hätätilan, mikä sai MCP:n vetäytymään viidakkoon ja muodostamaan Malaijan kansojen vapautusarmeijan.Tämän konfliktin perimmäiset syyt vaihtelivat perustuslaillisista muutoksista, jotka syrjäyttävät etniset kiinalaiset, talonpoikien syrjäyttämiseen viljelmien kehittämiseksi.MCP sai kuitenkin vain vähän tukea globaaleilta kommunistivalloilta.Malajan hätätila, joka kesti 1948-1960, näki brittiläiset käyttivät nykyaikaista kapinantorjuntataktiikkaa, jonka suunnitteli kenraaliluutnantti Sir Gerald Templer, MCP:tä vastaan.Vaikka konfliktissa oli osuutensa julmuuksista, kuten Batang Kalin verilöylystä, Britannian strategia MCP:n eristämiseksi tukipohjaltaan yhdistettynä taloudellisiin ja poliittisiin myönnytyksiin heikensi vähitellen kapinallisia.1950-luvun puoliväliin mennessä vuorovesi oli kääntynyt MCP:tä vastaan, mikä loi pohjan Federaation itsenäisyydelle Kansainyhteisössä 31. elokuuta 1957 Tunku Abdul Rahmanin virkaanastuneena pääministerinä.