Portugalin Malakan kukistuessa vuonna 1641 ja Acehin taantuessa hollantilaisten kasvavan vallan vuoksi Johor alkoi vakiinnuttaa itsensä Malakan salmen varrella sulttaani Abdul Jalil Shah III:n (1623–1677) aikana. ).^[55] Sen vaikutusvalta ulottui Pahangiin, Sungei Ujongiin, Malackaan, Klangiin ja Riaun saaristoon.^[56] Kolmisodan aikana Jambi nousi myös alueelliseksi taloudelliseksi ja poliittiseksi voimaksi Sumatralla.Aluksi Johorin ja Jambin välillä yritettiin liittoutua luvatulla avioliitolla perillisen Raja Mudan ja Jambin Pengeranin tyttären välillä.Raja Muda kuitenkin meni naimisiin Laksamana Abdul Jamilin tyttären kanssa, joka oli huolissaan tällaisen liiton vallan laimenemisesta ja tarjosi sen sijaan omaa tytärtään naimisiin.^[57] Tästä syystä liitto hajosi, ja sitten syntyi 13 vuotta kestänyt sota Johorin ja Sumatran valtion välillä vuodesta 1666 alkaen. Sota oli Johorille tuhoisa, sillä Jambi potkaisi Johorin pääkaupungin Batu Sawarin vuonna 1673. Sulttaani pakeni. Pahangiin ja kuoli neljä vuotta myöhemmin.Hänen seuraajansa sulttaani Ibrahim (1677–1685) käytti sitten bugien apua taistelussa Jambin voittamiseksi.^[56] Johor voitti lopulta vuonna 1679, mutta päätyi myös heikentyneeseen asemaan, kun bugit kieltäytyivät lähtemästä kotiin, ja myös Sumatran Minangkabaus alkoi puolustaa vaikutusvaltaansa.^[57]