Hollantilainen Malakka (1641–1825) oli pisin ajanjakso, jonka Malakka oli ulkomaisen hallinnassa.Hollantilaiset hallitsivat lähes 183 vuotta jaksottaisen Britannian miehityksen aikana Napoleonin sotien aikana (1795–1815).Tämä aikakausi näki suhteellisen rauhan ilman vakavia malaijilaisten sulttaanien keskeytyksiä hollantilaisten ja Johorin sulttaanikunnan välisen yhteisymmärryksen vuoksi vuonna 1606. Tämä aika merkitsi myös Malakan merkityksen laskua.Hollantilaiset suosivat Bataviaa (nykyinen Jakarta) taloudellisena ja hallinnollisena keskuksenaan alueella, ja heidän valtansa Malaccassa oli estää kaupungin menettäminen muille eurooppalaisille maille ja sen myötä sen mukanaan tuoma kilpailu.Niinpä 1600-luvulla, kun Malakka lakkasi olemasta tärkeä satama, Johorin sulttaanaatista tuli alueen hallitseva paikallinen valta satamien avaamisen ja hollantilaisten kanssa tehdyn liiton ansiosta.