Malakka-dynastian viimeinen sulttaani, sulttaani Mahmud Shah II, oli tunnettu epäsäännöllisestä käytöksestään, jota ei suurelta osin valvottu Bendehara Habibin kuoleman ja sitä seuranneen Bendahara Abdul Jalilin nimityksen jälkeen.Tämä käyttäytyminen huipentui siihen, että sulttaani määräsi teloittamaan aatelisen raskaana olevan vaimon pienestä rikkomuksesta.Loukkaantunut aatelinen tappoi kostoksi sulttaanin, jättäen valtaistuimen tyhjäksi vuonna 1699. Sultaanin neuvonantajat Orang Kayat kääntyivät Muarin Raja Temenggongin Sa Akar DiRajan puoleen, joka ehdotti, että Bendahara Abdul Jalil perisi valtaistuimen.Perintö kohtasi kuitenkin jonkin verran tyytymättömyyttä, erityisesti Orang Lautilta.Tänä epävakauden aikana kaksi hallitsevaa ryhmää Johorissa - Bugit ja Minangkabau - näkivät mahdollisuuden käyttää valtaa.Minangkabau esitteli Raja Kecilin, prinssin, joka väitti olevansa sulttaani Mahmud II:n kuolemanjälkeinen poika.Lupauksella rikkauksista ja vallasta Bugit tukivat aluksi Raja Keciliä.Raja Kecil kuitenkin petti heidät ja kruunasi itsensä Johorin sulttaaniksi ilman heidän suostumustaan, jolloin edellinen sulttaani Abdul Jalil IV pakeni ja lopulta salamurhattiin.Kostona bugit yhdistivät voimansa Raja Sulaimanin, sulttaani Abdul Jalil IV:n pojan, kanssa, mikä johti Raja Kecilin syöksymiseen valtaistuimelta vuonna 1722. Vaikka Raja Sulaiman nousi sulttaanina, Bugit vaikuttivat häneen voimakkaasti, ja he itse asiassa hallitsivat Johoria.Koko sulttaani Sulaiman Badrul Alam Shahin hallituskauden ajan 1700-luvun puolivälissä bugit kontrolloivat merkittävästi Johorin hallintoa.Heidän vaikutusvaltansa kasvoi niin merkittäväksi, että vuoteen 1760 mennessä useat Bugis-perheet olivat menneet naimisiin Johorin kuninkaalliseen sukulinjaan, mikä entisestään lujitti valta-asemaansa.Heidän johdollaan Johor koki talouskasvua, jota kiinalaisten kauppiaiden integraatio tuki.Kuitenkin 1700-luvun lopulla Temenggong-ryhmittymän Engkau Muda alkoi ottaa takaisin valtaansa ja loi pohjan sulttaanikunnan tulevalle vauraudelle Temenggong Abdul Rahmanin ja hänen jälkeläistensä ohjauksessa.