Borneon pohjoisrannikolla sijaitseva Brunein sulttaanikunta nousi merkittäväksi malaijilaiselta sulttaanikunnaksi 1400-luvulla.Se laajensi alueitaan Malakan ^[58] kaatumisen jälkeen portugalilaisille , ja jossain vaiheessa vaikutusvaltaa laajennettiin osiin Filippiineillä ja Borneon rannikolla.Brunein alkuperäinen hallitsija oli muslimi, ja sulttaanikunnan kasvu johtui sen strategisesta kauppapaikasta ja merenkulun kyvykkyydestä.Brunei kuitenkin kohtasi haasteita alueellisista voimista ja kärsi sisäisistä peräkkäisriidoista.Varhaisen Brunein historialliset tiedot ovat harvassa, ja suuri osa sen varhaisesta historiasta on peräisin kiinalaisista lähteistä.Kiinan aikakirjat viittasivat Brunein kauppaan ja alueelliseen vaikutukseen ja kiinnittivät huomiota sen siteisiin Jaavan Majapahit-imperiumiin .1300-luvulla Brunei koki jaavan vallan, mutta Majapahitin taantuman jälkeen Brunei laajensi alueitaan.Se hallitsi alueita Luoteis-Borneossa, osia Mindanaosta ja Sulun saaristosta .1500-luvulle mennessä Brunein valtakunta oli voimakas kokonaisuus, jonka pääkaupunki oli linnoitettu ja sen vaikutus tuntui läheisissä malaijilaisilta sulttaanaateissa.Huolimatta varhaisesta näkyvyydestään Brunei alkoi taantua 1600-luvulla ^[59] sisäisten kuninkaallisten konfliktien, Euroopan siirtomaavallan laajentumisen ja naapurimaiden Sulun sulttaanikunnan haasteiden vuoksi.1800-luvulle mennessä Brunei oli menettänyt merkittäviä alueita länsivalloille ja kohtasi sisäisiä uhkia.Suvereniteetin turvaamiseksi sulttaani Hashim Jalilul Alam Aqamaddin haki Britannian suojelua, minkä seurauksena Bruneista tuli brittiläinen protektoraatti vuonna 1888. Tämä protektoraatin asema jatkui vuoteen 1984 saakka, jolloin Brunei saavutti itsenäisyytensä.