1000-luvun lopulla Khwarazmian-dynastia otti haltuunsa Irakin.Tämä turkkilaisen maallisen hallinnon ja Abbasid-kalifaatin aika päättyi mongolien hyökkäykseen 1200-luvulla.^[51] Tšingis-kaanin johtamat mongolit olivat valloittaneet Khwarezmian vuoteen 1221 mennessä. Irak koki kuitenkin väliaikaisen tauon Tšingis-kaanin kuoleman vuonna 1227 ja sitä seuranneiden valtataistelujen vuoksi Mongoli-imperiumissa.Möngke Khan, vuodesta 1251, käynnisti mongolien laajentumisen uudelleen, ja kun kalifi al-Mustasim kieltäytyi mongolien vaatimuksista, Bagdad kohtasi Hulagu-khanin johtaman piirityksen vuonna 1258.Bagdadin piiritys, ratkaiseva tapahtuma mongolien valloituksissa, kesti 13 päivää 29. tammikuuta 10. helmikuuta 1258. Ilkhanaatin mongolien joukot liittolaistensa kanssa piirittivät, valloittivat ja lopulta ryöstivät Bagdadin, Abbasid-kalifaatin silloisen pääkaupungin. .Tämä piiritys johti useimpien kaupungin asukkaiden joukkomurhaan, mahdollisesti satoihin tuhansiin.Kaupungin kirjastojen ja niiden arvokkaan sisällön tuhoutumisen laajuus on edelleen keskustelunaihe historioitsijoiden keskuudessa.Mongolien joukot teloittivat Al-Musta'simin ja aiheuttivat vakavan väestökaton ja tuhon Bagdadissa.Tämä piiritys merkitsi symbolisesti islamilaisen kultakauden loppua, ajanjaksoa, jonka aikana kalifit olivat laajentaneet valtaansa Iberian niemimaalta Sindhiin.