Akbar Hashemi Rafsanjanin presidenttikaudelle, joka alkoi 16. elokuuta 1989, oli keskittyminen talouden vapauttamiseen ja yksityistämiseen pyrkiminen, mikä erotti Iranin islamilaisen tasavallan aiempien hallintojen enemmän valtion kontrolloidun lähestymistavan."Taloudellisesti liberaaliksi, poliittisesti autoritaariseksi ja filosofisesti perinteiseksi kuvailtu Rafsanjanin hallinto kohtasi radikaalien vastustusta Majlesin (Iranin parlamentti) sisällä.^[114]Toimikautensa aikana Rafsanjani oli tärkeä osa Iranin sodanjälkeistä jälleenrakennusta Iranin ja Irakin sodan jälkeen.^[115] Hänen hallintonsa yritti hillitä ultrakonservatiivien valtaa, mutta nämä yritykset epäonnistuivat suurelta osin Iranin vallankumouskaartin saatua lisää valtaa Khamenein ohjauksessa.Rafsanjani kohtasi syytöksiä korruptiosta sekä konservatiivisten ^[116] että uudistusmielisten ryhmittymien ^[117] taholta, ja hänen presidenttikautensa tunnettiin ankarista toisinajattelijoiden tukahduttamistoimista.^[118]Sodan jälkeen Rafsanjanin hallitus keskittyi kansalliseen kehitykseen.Hänen hallinnollaan laadittiin Iranin islamilaisen tasavallan ensimmäinen kehityssuunnitelma, jonka tavoitteena on modernisoida Iranin puolustus, infrastruktuuri, kulttuuri ja talous.Suunnitelmalla pyrittiin vastaamaan perustarpeisiin, uudistamaan kulutustottumuksia sekä parantamaan hallinnollista ja oikeudellista hallintoa.Rafsanjanin hallitus tunnettiin teollisuuden ja liikenneinfrastruktuurin kehittämisen priorisoinnista.Kotimaassa Rafsanjani puolusti vapaata markkinataloutta ja pyrki talouden vapauttamiseen öljytulojen tukeman valtion kassaan.Hän pyrki integroimaan Iranin maailmantalouteen ja puolusti Maailmanpankin innoittamaa rakennesopeutuspolitiikkaa.Tällä lähestymistavalla pyrittiin moderniin teolliseen talouteen, mikä oli ristiriidassa hänen seuraajansa Mahmoud Ahmadinejadin politiikan kanssa, joka suosi taloudellista uudelleenjakoa ja kovan linjan kantaa lännen väliintuloa vastaan.Rafsanjani kannusti yliopistojen ja teollisuuden väliseen yhteistyöhön korostaen tarvetta sopeutua nopeasti muuttuvaan globaaliin maisemaan.Hän aloitti hankkeita, kuten Islamic Azad University, osoittaen sitoutumistaan ​​koulutukseen ja kehitykseen.^[119]Rafsanjanin toimikaudella Iranin oikeusjärjestelmä teloitti myös erilaisia ​​ryhmiä, mukaan lukien poliittisia toisinajattelijoita, kommunisteja, kurdeja, baháʼíja ja jopa joitain islamilaisia ​​pappeja.Hän otti erityisen ankaran kannan Iranin Mojahedin-järjestöä vastaan ​​ja kannatti ankaria rangaistuksia islamilaisen lain mukaisesti.^[120] Rafsanjani työskenteli tiiviisti Khamenein kanssa varmistaakseen hallituksen vakauden Khomeinin kuoleman jälkeen.Ulkosuhteissa Rafsanjani työskenteli parantaakseen suhteita arabivaltioihin ja laajentaakseen suhteita Keski-Aasian ja Kaukasuksen maihin.Suhteet länsimaihin, erityisesti Yhdysvaltoihin, olivat kuitenkin edelleen kireät.Rafsanjanin hallitus tarjosi humanitaarista apua Persianlahden sodan aikana ja ilmaisi tukensa rauhanaloitteille Lähi-idässä.Hänellä oli myös merkittävä rooli Iranin ydinohjelman tukemisessa ja vakuutti, että Iran käyttää ydinteknologiaa rauhanomaisesti.^[121]