Pitkän turvallisen roomalaisen vallan jälkeen Pannonia käytiin 320-luvulta lähtien jälleen toistuvasti sodassa itägermaanien ja sarmatialaisten kansojen kanssa pohjoisessa ja idässä.Sekä vandaalit että gootit marssivat maakunnan läpi aiheuttaen valtavaa tuhoa.^[6] Rooman valtakunnan jakautumisen jälkeen Pannonia pysyi Länsi-Rooman valtakunnan hallinnassa, vaikka Sirmiumin alue oli itse asiassa enemmän idän vaikutuspiirissä.Kun maakunnan latinalainen väestö pakeni jatkuvia barbaarien hyökkäyksiä, ^[7] hunnilaisia ​​ryhmiä alkoi ilmestyä Tonavan partaalle.Vuonna 375 jKr. nomadihunit alkoivat tunkeutua Eurooppaan itäisiltä aroilta, mikä aloitti suuren muuttoliikan.Vuonna 380 hunnit tunkeutuivat nykyiseen Unkariin ja pysyivät tärkeänä tekijänä alueella pitkälle 5. vuosisadalle.Pannonian maakunnat kärsivät muuttokaudesta vuodesta 379 eteenpäin, goottien-alan-hunin liittolaisen asuttaminen aiheutti toistuvia vakavia kriisejä ja tuhoja, aikalaiset kuvailivat sitä piiritystilaksi, Pannoniasta tuli hyökkäyskäytävä sekä pohjoisessa että Etelä.Roomalaisten pako ja maastamuutto alkoivat kahden kovan vuosikymmenen jälkeen vuonna 401, mikä aiheutti myös taantuman maallisessa ja kirkollisessa elämässä.Hunien hallinta laajeni vähitellen Pannoniaan vuodesta 410 lähtien, lopulta Rooman valtakunta ratifioi Pannonia sopimuksella vuonna 433. Roomalaisten pako ja maastamuutto Pannoniasta jatkui keskeytyksettä avaarien hyökkäykseen saakka.Hunnit loivat hyväkseen goottien, Quadin ym. lähtöä, vuonna 423 Unkarissa sijaitsevan merkittävän imperiumin.Vuonna 453 he saavuttivat laajentumisensa huipulle tunnetun valloittajan Attila Hunin alaisuudessa.Imperiumi romahti vuonna 455, kun naapurigermaaniset heimot (kuten Quadit, Gepidit ja Scirit) voittivat hunnit.