Kreikkalaiset pysyivät Peloponnesoksella vuoteen 1460 asti, ja venetsialaiset ja genovalaiset tarttuivat joihinkin saariin, mutta 1500-luvun alussa koko Manner-Kreikka ja suurin osa Egeanmeren saarista olivat Ottomaanien valtakunnan siirtomaa, lukuun ottamatta useita yhä edelleen olevia satamakaupunkeja. venetsialaisten hallussa (Nafplio, Monemvasia, Parga ja Methone niistä tärkeimmät).Ottomaanit liittivät virallisesti Egeanmeren keskellä sijaitsevat Kykladien saaret vuonna 1579, vaikka ne olivat vasalliasemassa 1530-luvulta lähtien.Kypros kaatui vuonna 1571, ja venetsialaiset pitivät Kreetan vuoteen 1669 asti. Ottomaanit eivät koskaan hallinneet Joonian saaria Kefaloniaa lukuun ottamatta (1479-1481 ja 1485-1500), ja ne pysyivät Venetsian tasavallan hallinnassa. .Moderni Kreikan valtio syntyi Joonian saarilla, kun Seitsemän saaren tasavalta syntyi vuonna 1800.Ottomaanien Kreikka oli monietninen yhteiskunta.Moderni länsimainen käsitys monikulttuurisuudesta, vaikka ensi silmäyksellä näyttää vastaavan hirssijärjestelmää, katsotaan kuitenkin yhteensopimattomaksi ottomaanien järjestelmän kanssa.Kreikkalaisille annettiin toisaalta joitain etuoikeuksia ja vapautta;toisen kanssa he joutuivat tyrannialle, joka johtui sen hallintohenkilöstön väärinkäytöksistä, joita keskushallinnolla oli vain etäinen ja epätäydellinen valvonta.Ottomaanien saapuessa tapahtui kaksi kreikkalaista muuttoliikettä.Ensimmäinen muuttoliike merkitsi kreikkalaisen älymystön muuttoa Länsi-Eurooppaan ja vaikutti renessanssin tuloon.Toinen muuttoliike johti siihen, että kreikkalaiset lähtivät Kreikan niemimaan tasangoista ja asettuivat uudelleen vuorille.Hirssijärjestelmä vaikutti ortodoksisten kreikkalaisten etniseen yhteenkuuluvuuteen erottelemalla eri kansat ottomaanien valtakunnassa uskonnon perusteella.Ottomaanien vallan aikana tasangoilla asuvat kreikkalaiset olivat joko kristittyjä, jotka käsittelivät vieraan vallan taakkoja tai kryptokristittyjä (kreikkalaisia ​​muslimeja, jotka olivat kreikkalaisen ortodoksisen uskon salaisia ​​harjoittajia).Joistakin kreikkalaisista tuli kryptokristityjä välttääkseen raskaita veroja ja samalla ilmaistakseen identiteettiään säilyttämällä siteensä Kreikan ortodoksiseen kirkkoon.Kuitenkin kreikkalaisia, jotka kääntyivät islamiin eivätkä olleet kryptokristittyjä, pidettiin "turkkilaisina" (muslimeina) ortodoksisten kreikkalaisten silmissä, vaikka he eivät omaksuneet turkin kieltä.Ottomaanit hallitsivat suurinta osaa Kreikasta 1800-luvun alkuun asti.Ensimmäinen itsehallinnollinen Helleenien valtio keskiajalta lähtien, perustettiin Ranskan vallankumoussotien aikana vuonna 1800, 21 vuotta ennen Kreikan vallankumouksen puhkeamista Manner-Kreikassa.Se oli Septinsaaritasavalta, jonka pääkaupunki oli Korfu.