Napoleon Bonaparte johti ranskalaisten Egyptiin suuntautuvaa retkikuntaa , jonka tarkoituksena oli ilmeisesti tukea ottomaanien porttia ja tukahduttaamamelukit .Bonaparten julistus Aleksandriassa korosti tasa-arvoa, ansioita ja islamin kunnioittamista, mikä on ristiriidassa mamlukkien oletetun näiden ominaisuuksien puutteen kanssa.Hän lupasi kaikille egyptiläisille avoimen pääsyn hallinnollisiin tehtäviin ja ehdotti paavin vallan kaatamista osoittaakseen Ranskan sitoutumisen islamiin.^[102]Egyptiläiset suhtautuivat kuitenkin skeptisesti ranskalaisten aikoihin.Ranskan voiton Embabehin taistelussa (pyramidien taistelu), jossa Murad Beyn ja Ibrahim Beyn joukot kukistettiin, Kairoon muodostettiin kunnallisneuvosto, johon kuului šeikejä, mamelukteja ja ranskalaisia ​​jäseniä, ja se palveli pääasiassa ranskalaisten asetusten täytäntöönpanoa.^[102]Ranskan voittamattomuus kyseenalaistettiin heidän laivastonsa tappion Niilin taistelussa ja epäonnistumisen jälkeen Ylä-Egyptissä.Jännitteet kärjistyivät taloveron käyttöönoton myötä, mikä johti kapinaan Kairossa lokakuussa 1798. Ranskalainen kenraali Dupuy tapettiin, mutta Bonaparte ja kenraali Kléber tukahduttivat kapinan nopeasti.Ranskan Al-Azharin moskeijan käyttö tallina aiheutti syvän loukkauksen.^[102]Bonaparten Syyrian retkikunta vuonna 1799 heikensi väliaikaisesti Ranskan hallintaa Egyptissä.Palattuaan hän voitti Murad Beyn ja Ibrahim Beyn yhteisen hyökkäyksen ja myöhemmin murskasi turkkilaisen armeijan Aboukirissa.Bonaparte lähti sitten Egyptistä ja nimitti Kléberin seuraajakseen.^[102] Kléber joutui epävarmaan tilanteeseen.Sen jälkeen kun britit estivät alkuperäiset sopimukset ranskalaisesta evakuoinnista, Kairo koki mellakoita, jotka Kléber tukahdutti.Hän neuvotteli Murad Beyn kanssa ja antoi hänelle hallinnan Ylä-Egyptissä, mutta Kléber murhattiin kesäkuussa 1800. ^[102]Kenraali Jacques-Francois Menou seurasi Kléberia yrittäen voittaa muslimien suosion, mutta vieraannuttaa egyptiläiset julistamalla Ranskan protektoraatin.Vuonna 1801 englantilaiset ja turkkilaiset joukot laskeutuivat Abu Qiriin, mikä johti ranskalaisten tappioihin.Kenraali Belliard antautui Kairon toukokuussa, ja Menou antautui elokuussa Aleksandriassa lopettaen Ranskan miehityksen.^[102] Ranskan miehityksen pysyvä perintö oli "Description de l'Egypte", ranskalaisten tutkijoiden yksityiskohtainen Egyptin tutkimus, joka vaikutti merkittävästi egyptologian alaan.^[102]