1500-luvun alussa, Egyptin ottomaanien valloituksen jälkeen vuonna 1517, sulttaani Selim I nimitti Yunus Pashan Egyptin kuvernööriksi, mutta hänet korvattiin pian Hayır Beyllä korruptioongelmien vuoksi.^[97] Tämä ajanjakso merkitsi valtataistelua ottomaanien edustajien jamamelukien välillä, jotka säilyttivät merkittävän vaikutusvallan.Mamelukit liitettiin hallinnolliseen rakenteeseen, ja heillä oli avainasemat Egyptin 12 sanjakissa.Sulttaani Suleiman Suuren johdolla Suurdiiaani ja Pieni Diiaani perustettiin avustamaan pashaa armeijan ja uskonnollisten viranomaisten edustamana.Selim perusti kuusi rykmenttiä Egyptin suojelemiseksi, joihin Suleiman lisäsi seitsemännen.^[98]Ottomaanien hallinto vaihtoi Egyptin kuvernööriä usein, usein vuosittain.Yksi kuvernööri, Hain Ahmed Pasha, yritti saavuttaa itsenäisyyden, mutta hänet estettiin ja teloitettiin.^[98] Vuonna 1527 Egyptissä suoritettiin maanmittaus, jossa maat luokiteltiin neljään tyyppiin: sulttaanin alue, läänitys, sotilaallinen ylläpitomaa ja uskonnollinen perusta.Tämä tutkimus toteutettiin vuonna 1605. ^[98]Egyptissä 1600-luvulle oli ominaista sotilaalliset kapinat ja konfliktit, jotka usein johtuivat joukkojen yrityksistä hillitä kiristystä.Vuonna 1609 merkittävä konflikti johti Kara Mehmed Pashan voitokkaaseen saapumiseen Kairoon, mitä seurasi talousuudistukset.^[98] Tänä aikana paikalliset mamelukbeyt saivat hallitsevan aseman Egyptin hallinnossa, usein sotilaallisissa tehtävissä ja haastaen ottomaanien nimittämät kuvernöörit.^[99] Egyptin armeija, jolla oli vahvat paikalliset siteet, vaikutti usein kuvernöörien nimittämiseen ja hallitsi merkittävästi hallintoa.^[100]Vuosisadalla Egyptissä nousi myös kaksi vaikutusvaltaista ryhmittymää: ottomaanien ratsuväkeen sidoksissa oleva faqari ja syntyperäisiin egyptiläisiin joukkoihin liittyvä Qasimi.Nämä ryhmät, joita symboloivat niiden erilaiset värit ja symbolit, vaikuttivat merkittävästi ottomaanien Egyptin hallintoon ja politiikkaan.^[101]