Shemyaka hallitsi tehottomasti, ei onnistunut houkuttelemaan liittolaisia, ja aatelisto alkoi loikata Moskovasta Vologdaan.Vasily onnistui myös liittoutumaan Kazanin tataarien kanssa.Vuoden 1446 lopulla, kun Dmitri Shemyaka oli ulkona Volokolamskissa, Vasili II:n armeija saapui Moskovaan.Sitten Vasily alkoi jahtaa Shemyakaa.Vuonna 1447 he pyysivät rauhaa ja suostuivat hyväksymään Vasilyn paremmuuden.Siitä huolimatta Dmitri Shemyaka jatkoi vastarintaa yrittäen houkutella liittolaisia ​​ja kerätä tarpeeksi suuren armeijan taistelemaan Vasiliaa vastaan.Vuonna 1448 Vasily aloitti sotatoimet, jotka sisälsivät enimmäkseen pohjoisia maita Veliki Ustjugiin asti ja jatkuivat pienin katkoksin vuoteen 1452 saakka, jolloin Šemjaka lopulta kukistettiin ja pakeni Novgorodiin.Vuonna 1453 hänet myrkytettiin siellä Vasilyn käskystä.Myöhemmin Vasily onnistui poistamaan kaikki paikalliset ruhtinaat, jotka aiemmin tukivat Shemyakaa.Moshaiskin ja Serpuhovin ruhtinaskunta liitettiin Moskovan suurruhtinaskuntaan.