Η Huayna Capac πεθαίνει, πιθανότατα από ευλογιά (μια επιδημία είχε σαρώσει τον Νέο Κόσμο αμέσως μετά την εισαγωγή της από τους Ισπανούς).Καταστροφικά, ο Huayna Capac είχε αποτύχει να κατονομάσει έναν κληρονόμο πριν από το θάνατό του.Η διαμάχη για την εξουσία που ακολούθησε μεταξύ των δύο γιων του, Huascar και Atahualpa, οδηγεί τελικά σε έναν εμφύλιο πόλεμο.Ο Huascar αναλαμβάνει τον θρόνο που υποστηρίζεται από τους ευγενείς στο Κούσκο.Εν τω μεταξύ, ο Atahualpa, ο οποίος θεωρούνταν πιο ικανός διαχειριστής και πολεμιστής, στέφεται ο Sapa Inca στο Κίτο.Είναι άγνωστο πόσοι Ίνκα σκοτώθηκαν ή πέθαναν κατά τη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου.Ο εκτιμώμενος πληθυσμός της αυτοκρατορίας των Ίνκας πριν από μια επιδημία (πιθανώς ευρωπαϊκής ασθένειας) και την ισπανική κατάκτηση υπολογίζεται μεταξύ 6 και 14 εκατομμυρίων ανθρώπων.Ο εμφύλιος πόλεμος, μια επιδημία και η ισπανική κατάκτηση οδήγησαν σε μείωση του πληθυσμού για αρκετές δεκαετίες που υπολογίζεται σε 20:1 ή 25:1, που σημαίνει ότι ο πληθυσμός μειώθηκε κατά 95 τοις εκατό.