Ο Tupac Inca πέθανε περίπου το 1493 στο Chincheros, αφήνοντας δύο νόμιμους γιους και 90 νόθους γιους και κόρες.Τον διαδέχθηκε ο Huayna Capac Στο νότο, ο Huayna Capac συνέχισε την επέκταση της Αυτοκρατορίας των Ίνκας στη σημερινή Χιλή και την Αργεντινή και προσπάθησε να προσαρτήσει εδάφη προς τα βόρεια σε αυτό που είναι τώρα ο Ισημερινός και η νότια Κολομβία.Ως Sapa Inca, κατασκεύασε επίσης αστρονομικά παρατηρητήρια στον Ισημερινό, όπως το Ingapirca.Ο Wayna Qhapaq ήλπιζε να δημιουργήσει ένα βόρειο οχυρό στην πόλη Tumebamba του Ισημερινού, όπου ζούσαν οι κάτοικοι του Cañari.Ερείπια της πόλης των Ίνκας Pumpu.Η Wayna Qhapaq περνούσε χρόνο χαλαρώνοντας στην κοντινή λίμνη Chinchay Cocha που συνδέεται με την πόλη μέσω ενός ποταμού.Στον Εκουαδόρ, παλαιότερα γνωστό ως Βασίλειο του Κίτο, η Wayna Qhapaq απορρόφησε τη Συνομοσπονδία του Κίτο στην Αυτοκρατορία των Ίνκας αφού παντρεύτηκε τη βασίλισσα του Κίτο Paccha Duchicela Shyris XVI για να σταματήσει έναν μακροχρόνιο πόλεμο.Από αυτόν τον γάμο γεννήθηκε η Atawallpa (1502 CE) στο Caranqui του Ισημερινού.Ο Wayna Qhapaq πέθανε το 1524. Όταν ο Wayna επέστρεψε στο Κίτο, είχε ήδη κολλήσει πυρετό ενώ έκανε εκστρατεία στη σημερινή Κολομβία (αν και ορισμένοι ιστορικοί το αμφισβητούν αυτό), που πιθανότατα προήλθε από την εισαγωγή ευρωπαϊκής ασθένειας όπως η ιλαρά ή η ευλογιά