Ο Ντέιβιντ Μάρσαλ έγινε ο πρώτος Πρωθυπουργός της Σιγκαπούρης, ηγούμενος μιας ασταθούς κυβέρνησης που αντιμετώπισε κοινωνικές αναταραχές, που αποτελούν παράδειγμα από γεγονότα όπως οι ταραχές στο λεωφορείο του Χοκ Λι.Το 1956, ηγήθηκε των διαπραγματεύσεων στο Λονδίνο για πλήρη αυτοδιοίκηση, αλλά οι συνομιλίες απέτυχαν λόγω βρετανικών ανησυχιών για την ασφάλεια, με αποτέλεσμα να παραιτηθεί.Ο διάδοχός του, Lim Yew Hock, πήρε σκληρή στάση ενάντια στις κομμουνιστικές και αριστερές ομάδες, ανοίγοντας το δρόμο στους Βρετανούς να παραχωρήσουν στη Σιγκαπούρη πλήρη εσωτερική αυτοδιακυβέρνηση το 1958.Στις εκλογές του 1959, το Κόμμα Λαϊκής Δράσης (PAP), με επικεφαλής τον Λι Κουάν Γιου, βγήκε νικητής και ο Λι έγινε ο πρώτος πρωθυπουργός της Σιγκαπούρης.Η κυβέρνησή του αντιμετώπισε αρχικό σκεπτικισμό λόγω της φιλοκομμουνιστικής φατρίας του κόμματος, που οδήγησε σε μετεγκαταστάσεις επιχειρήσεων στην Κουάλα Λουμπούρ.Ωστόσο, υπό την ηγεσία του Lee, η Σιγκαπούρη είδε οικονομική ανάπτυξη, εκπαιδευτικές μεταρρυθμίσεις και ένα επιθετικό πρόγραμμα δημόσιας στέγασης.Η κυβέρνηση έλαβε επίσης μέτρα για τον περιορισμό της εργατικής αναταραχής και την προώθηση της αγγλικής γλώσσας.Παρά αυτά τα επιτεύγματα, οι ηγέτες του PAP πίστευαν ότι το μέλλον της Σιγκαπούρης βρισκόταν σε μια συγχώνευση με τη Malaya .Η ιδέα ήταν γεμάτη προκλήσεις, ιδιαίτερα την αντίθεση από τους φιλοκομμουνιστές εντός του PAP και ανησυχίες από την Εθνική Οργάνωση των Ενωμένων Μαλαισίων της Μαλαισίας σχετικά με την ισορροπία φυλετικών δυνάμεων.Ωστόσο, η προοπτική μιας κομμουνιστικής εξαγοράς στη Σιγκαπούρη μετατόπισε τα συναισθήματα υπέρ της συγχώνευσης.Το 1961, ο πρωθυπουργός της Μαλαισίας, Tunku Abdul Rahman, πρότεινε μια Ομοσπονδία της Μαλαισίας, η οποία θα περιλάμβανε τη Μαλαισία, τη Σιγκαπούρη, το Μπρουνέι, το Βόρειο Βόρνεο και το Σαραβάκ.Ένα επόμενο δημοψήφισμα στη Σιγκαπούρη το 1962 έδειξε ισχυρή υποστήριξη για τη συγχώνευση υπό συγκεκριμένους όρους αυτονομίας.