Το 1988, η δημοκρατία αποκαταστάθηκε στο Πακιστάν με γενικές εκλογές μετά το θάνατο του προέδρου Zia-ul-Haq.Αυτές οι εκλογές οδήγησαν στην επιστροφή του Λαϊκού Κόμματος του Πακιστάν (PPP) στην εξουσία, με την Μπεναζίρ Μπούτο να γίνεται η πρώτη γυναίκα πρωθυπουργός του Πακιστάν και η πρώτη γυναίκα επικεφαλής κυβέρνησης σε μια χώρα με μουσουλμανική πλειοψηφία.Αυτή η περίοδος, που κράτησε μέχρι το 1999, χαρακτηρίστηκε από ένα ανταγωνιστικό δικομματικό σύστημα, με τους κεντροδεξιούς συντηρητικούς με επικεφαλής τον Ναουάζ Σαρίφ και τους κεντροαριστερούς σοσιαλιστές υπό την Μπεναζίρ Μπούτο.Κατά τη διάρκεια της θητείας της, η Μπούτο οδήγησε το Πακιστάν στα τελικά στάδια του Ψυχρού Πολέμου , διατηρώντας φιλοδυτικές πολιτικές λόγω της κοινής δυσπιστίας για τον κομμουνισμό.Η κυβέρνησή της είδε την αποχώρηση των σοβιετικών στρατευμάτων από το Αφγανιστάν .Ωστόσο, η ανακάλυψη του προγράμματος ατομικής βόμβας του Πακιστάν οδήγησε σε τεταμένες σχέσεις με τις Ηνωμένες Πολιτείες και στην επιβολή οικονομικών κυρώσεων.Η κυβέρνηση του Μπούτο αντιμετώπισε επίσης προκλήσεις στο Αφγανιστάν, με μια αποτυχημένη στρατιωτική επέμβαση που οδήγησε στην απόλυση διευθυντών υπηρεσιών πληροφοριών.Παρά τις προσπάθειες αναζωογόνησης της οικονομίας, συμπεριλαμβανομένου του Έβδομου Πενταετούς Σχεδίου, το Πακιστάν γνώρισε στασιμοπληθωρισμό και η κυβέρνηση του Μπούτο τελικά απορρίφθηκε από τον συντηρητικό Πρόεδρο Ghulam Ishaq Khan.